（1）病毒个体比细菌小：一般病毒的大小相当于细菌的1/10，有的相当于1/100。在光学显微镜下，能看到细菌，却看不到病毒，观察病毒必须用电子显微镜，才能看清。细菌以微米作为测量大小的单位，病毒则以纳米，即1/1000微米作为测量的单位。
（2）病毒结构比细菌简单：细菌具有细胞结构，菌体内包含有两种核酸，即DNA和RNA，有核糖体。病毒不具有细胞结构，只含一种核酸，或是DNA或是RNA，没有核糖体。所以病毒可分为DNA病毒和RNA病毒两类。
（3）病毒不能独立进行代谢活动：病毒只能在活细胞内寄生，以"复制"形式进行繁殖；细菌在有足够营养物和适宜环境条件下，可以独立完成代谢活动，能在人工培养基上生长繁殖，并以二分裂法进行繁殖。此外，病毒对寄生的组织细胞有一定的选择性，不同的病毒挑选适合其增殖的敏感细胞，如乙型脑炎病毒在大脑神经细胞内寄生；流感病毒在上呼吸道黏膜上皮细胞内寄生，也就是所谓的"专性寄生"。
（4）对抗生素的敏感性：病毒对抗生素不敏感，而细菌对抗生素敏感。这主要因为抗生素的作用主要是影响微生物的代谢过程，而病毒不能独立进行代谢，因而不受抗生素的抑制。
