铁和锰。水中的铁和锰会被氧化成不溶于水的形式，从而导致高空灌溉的植物叶片上出现黑色或棕色污渍。微灌系统要求铁的浓度低于零点三ppm。有几种方法可以去除这些元素，如果有足够的空间，成本最低的方法是将原水泵入池塘或水箱，让不溶性的铁和锰化合物沉淀并沉淀下来。
水通常以喷淋的形式泵入，使铁和锰迅速氧化成不溶解的形式，必须留出足够的时间让铁和锰沉淀下来。蓄水池或储水罐必须足够大，以满足设施的灌溉量需求，同时又不会扰动含有铁和锰的底层沉淀物。
氧化过滤器还利用空气，高锰酸钾过滤将铁和锰氧化化成不溶解的形式，沉淀物由过滤器去除过滤器必须定期清洗，通常是通过反冲洗沙子也可用作过滤器。如果使用化学氧化剂用完后必须更新，锰的氧化和沉淀速度较慢，为了有效去除锰，可能需要在沉淀和过滤前进行化学混凝。
如果存在铁和锰细菌，则不应使用氧化过滤器，氧化过滤器很快就会被细菌弄瞎。消除沉淀物问题的另一种方法是保持铁和锰的可溶性添加到水中的聚磷酸盐螯合物，会附着在可溶性铁和锰上，防止它们被氧化，然后螯合铁锰复合物通过灌溉系统，不会沉淀在植物上。
如果水中可溶性铁和锰的浓度较低，低于一两毫克/升，螯合作用通常会奏效。此外水中已经被空气氧化的铁和锰也无法被螯合，添加了螯合剂的水不能加热，因为加热会导致聚磷酸盐分解释放出铁和锰。
钙和镁可能需要去除硬水中的钙和镁，以消除喷灌在叶片上留下的盐沉积物，这可以通过水软化来实现急用钾，代替钙和镁。
请注意，一般的水软化装置使用的是钠而不是钾，高浓度的钠可能对植物有害，因此应改用使用钾的软化装置，水中的总含盐量不会改变钾会被植物利用。如果水质很硬，可能会出现钾肥过量的情况。软化装置中的氯化钾，必须重新填充氟化物。
可以通过活性氧化铝或活性炭的吸附作用，去除灌溉水中的氟。使用活性氧化铝时，首先要将水的pH值调节到5.5再进行处理，活性氧化铝装置可以用氢氧化钠等强碱再生，然后重复使用。
在使用活性炭装置处理之前无需调节水的pH值，通常在活性炭的吸附能力用完后就会更换。氟化物的溶解度不超过pH值6，因此将介质溶液的pH值保持在这一水平之上，可以避免大多数氟化物中毒问题硼。硼以阴离子硼酸盐的形式存在于许多灌溉水源中，可以使用与去离子系统类似的阴离子交换树脂。但费用不菲。
为了提高反渗透系统的除硼效率，需要将水的pH值调整为弱碱性(pH值为7.5)，应使用更能承受较高pH值的薄膜复合膜。
