qPCR
2.4 DNA or RNA 测序
合基因作为结构变异(SV)的一种类型，采用DNA测序分析融合基因的策略主要包括：双端序列配对法(pair-end method)，该方法总体思路是首选将双端序列比对到基因组上，然后评估双端配对序列的距离和方向是否和建库信息一致。
双端序列配对法(pair-end method)
RNA测序检测融合基因主要有两种分析策略，(1) 基于序列比对的方法，寻找不一致序列(discordant pair reads)和覆盖断裂点的序列(junction/split reads)从而识别出融合事件。(2) 基于拼接比对的方法，首先组装出新的转录本，然后比对到基因组，从而鉴定出与染色体重排一致的融合转录本。
RNA测序检测融合基因
2.5 Nanostring
Nanostring技术是数字化基因分析系统，是最新的多重基因定量检测技术。该技术可直接检测条形码探针标记的单个mRNA转录子，并通过数字计数进行定量。它仅需100 ng的RNA即可对逾800个特异的mRNA转录子进行准确的定量。该方法除了检测已知融合方式，还能发现未知融合方式。有文章报道NanoString和FISH检测在检测肺癌ALK、ROS、RET 基因融合方面一致性可高达100%。技术准确性层面NanoString应用于临床检测具有可行性。NanoString技术平台自动化程度非常高，通过机器就可以直接读数，并且单次反应能够同时检测800多条序列，高通量检测可以大大节约临床标本，针对单个基因的检测成本也大大降低。但是目前国内由于设备未能普及，另外还有融合探针的合成、试剂性能验证、NMPA 批准等因素，短期内应用于临床尚不现实。
NanoString实验过程
