沿着沙上船留下的痕迹，他们来到拉穆努古塔。一路来到塔的顶端，在李维特的掩护下，以及纳比路的协助下，主角奋力一跃，跳上了即将离开的飞船。面对猎人的包围，擂斯见主角遭遇危险，开始挣扎想要挣脱锁链。主角趁着飞船不稳上前想要协助擂斯挣脱，却被猎人弩炮轰下飞船。忽然，擂斯觉醒力量，张开翅膀挣脱束缚，拯救了主角以及艾娜。
骑手与猎人的组合在艾娜的指引下，主角来到烈度丧命的大坑，艾娜将事发经过告诉主角。他们沿着路来到一座失落的村庄，那里也出现了大坑。主角合力讨伐凶光化的红彩鸟，拯救纳比路的大哥欧路高。之后一行人前往艾路的避难处。
为了讨伐凶光化的泡狐龙，主角与原本对立的猎人卡伊变成伙伴。成功讨伐凶光化泡狐龙之后，卡伊对骑手有了更多的认识，决定一同调查大坑事件。
来到努亚特村的主角与新伙伴舒华路，听闻前往神社的道路上出现灭尽龙，于是开始着手调查灭尽龙的足迹。在讨伐完灭尽龙之后，大坑底下的不明生物再次出现，擂斯受到红光吸引冲向大坑，原本倒地的灭尽龙也起身冲了过去。伴随不明生物出现而隆起皲裂的地面，主角被抛起至半空中，摔落在大坑旁边。艾娜冲上前向主角伸出手，这一次她没有失败，成功救起主角。
在音·拉纳（努亚特村长老）的引领下，主角来到保存传说壁画的神社。巨大的壁画中隐藏着传说的真相，真正会毁灭世界的元凶，并不是拥有「破灭之翼」的火龙擂斯。
决战将至各地陆续出现新的大坑以及凶光化的怪物，原先分开调查大坑的卡伊再次加入主角队伍中。此时神秘的骑手军团再度出现，要求主角交出擂斯。军团的领头露出自己的真面目，正是汝途村的杰拉德，他毫不避讳表达自己偏颇的想法，一心只想将擂斯抢到手。一番苦战后，主角与卡伊打倒骑手，*队也赶过来协助，然而杰拉德早已不见踪影。
回到夏口洛岛，主角一行人来到守护火龙巢穴，遇见烈度的随行兽老擂斯。在这里埋伏的杰拉德趁着所有人不注意抢走擂斯往风暴的中心圣地前进。老擂斯载着主角与卡伊等人冲进风暴。来到圣地，主角和杰拉德展开一场激战，好不容易打败杰拉德，大坑底下的不明生物再次出现，想要吃掉大坑旁的擂斯和杰拉德。
这时老擂斯冲上前载着主角，撞开差点被吃掉的擂斯，在空中来回闪躲不明生物的攻击。然而老擂斯寡不敌众，不明生物团团包围住老擂斯，正当主角陷入危险之际，烈度忽然出现，从主角手中接过骑手的位置，主角从老擂斯背上摔落，看着老擂斯被不明生物吞噬。
大坑底下，在传说中被称为傲屠娜的怪物诞生，为了阻止世界毁灭，主角与卡伊一同进入最终战斗。在傲屠娜进入最终形态时，卡伊发现阻止它的唯一办法，从艾娜手中接过护符，和主角坐上擂斯的背部，在空中用弓箭射穿了傲屠娜的翅膀。这时候擂斯和主角对傲屠娜进行最后的攻击。
大战之后，擂斯消失得无影无踪。主角在港口等待擂斯归来，一阵清风吹过，主角似乎感受到了擂斯，这时擂斯从山林间冲出飞向主角，主角顺势坐上了擂斯的背部，在海面上翱翔。
总结《怪物猎人物语2》的剧情确实不是很出色，若把它作为一款「主打剧情」的游戏来看，绝对没有达到水准。对我来说，这次的剧情水准是可以预期且可以接受的范围，毕竟过往《怪物猎人》系列中，本来就没有哪一代或是外传的剧情非常出色，更别提还会出现设定矛盾甚至毫无逻辑可言的情况，不过这也不能成为《怪物猎人物语2》剧情差的理由。
作为一个故事，《怪物猎人物语2》基本的起承转合都有做到，开头悬疑也埋得不错，后面几次转折，像是擂斯振翅飞翔拯救主角非常热血，后面老擂斯被吃掉那段情绪的渲染也十分到位。然而，为人诟病的部分却压过了剧情的优点。
有许多人认为烈度被过度渲染，整个故事中有很大的篇幅不断提到烈度，让玩家感觉主角的地位式微，故事里只有「烈度」与「烈度的孙子」；也有人提到艾娜通篇只是个花瓶，对整个事件乃至于主角几乎没有帮助；然后也有很多人说，月路很可爱。其他还有许多批评。例如转折太硬，人设不清楚等等，有些批评我个人认为是见仁见智，有些缺点确实存在剧情里，但是这部「主打剧情」的《怪物猎人物语2》，我仍然认为是水准以上的佳作。
我从不会将《怪物猎人物语2》视作一款「剧情向」的游戏，这并不是替自己打一剂预防针，对我而言，《怪物猎人物语2》只是一款「剧情成分偏多」的《怪物猎人》系列作。在欣赏剧情的过程中，我不会太专注去理解剧情想要诉说什么，或是去体会角色的心境转变，因为这款游戏的剧情比较倾向娱乐，只要玩家看得开心，就达到故事的目的性，简单从故事主题便可略知一二。
