在12世纪的中东，此时处于第三次十字军东征时期。阿泰尔隶属于刺客组织阿萨辛，阿泰尔奉师父之名陆续*死了九名圣殿骑士，为的是阻止第三次十字军东征，维护和平。当阿泰尔顺利*死九名目标后，渐渐察觉到自己已被欺骗：原来，当年有十个人找到了一块伊甸园碎片，这十人正是九名被*的骑士和自己的师父阿尔莫林，他之所以利用阿泰尔刺*掉九名骑士，只是为了一人独吞伊甸园碎片，然后通过这个神器控制人们的思想，实现自己独裁的梦想。得知这一切真相的阿泰尔非常震惊，他火速返回刺客总部质问自己的师父，并展开战斗，最终*死师父，得到了部分伊甸园碎片并将其埋藏，成为刺客联盟新的首领。将刺客组织带入一个新时代。
返回到现代的迈尔斯，知道了Abstergo公司目前已经持有部分伊甸园碎片，绑架迈尔斯来此只是为了通过他找到当年被阿泰尔埋葬的碎片。并利用神器控制人类的思想，这个时候Abstergo的研究员露西也向迈尔斯表明身份，原来她是潜伏在Abstergo公司中的间谍，她的真实身份同样是刺客联盟的成员，帮助迈尔斯逃离这里。
Animus的实验结束后，迈尔斯获得了祖先的神奇能力“鹰之眼”，通过这个能力他发现了在实验室休息间的秘密。原来，在他来这里之前，已经有16位刺客后裔曾被陆续绑架来此，在实验结束后惨遭*害，休息间墙壁上写满了他们的遗言。一切结束后，迈尔斯在露西的帮助下试图逃离。
地点：以色列、叙利亚、黎巴嫩
时间：1190年，刺客信条1发生的前一年
阿泰尔被导师阿尔莫林去寻找神器圣杯，在寻找的过程中，阿泰尔得知圣杯被藏在了沙之宫殿中。但当他千辛万苦获得了打开沙之宫殿的三把钥匙并进入时，他只发现了一个空无一物的金色箱子。
后来得知圣杯就在圣城耶路撒冷，而且正被圣殿骑士看管，阿泰尔渗入要塞，遇到了他的初恋阿德哈，得知其身份是“圣杯”并救出。
