返回到现代的戴斯蒙，同样也得知阿布斯泰格公司的目的与当年的Mualim基本相同，同时他们已经持有部分伊甸园碎片，绑架戴斯蒙来此只是为了通过他找到当年被阿泰尔埋葬的碎片。这个时候阿布斯泰格的研究员露西（Lucy）也向戴斯蒙表明了身份，原来她是潜伏在公司中的间谍，她的真实身份同样是刺客联盟的成员，为的只是帮助戴斯蒙逃离这里。原来，在他来这里之前，已经有16位刺客后裔曾被陆续绑架来此，在实验结束后惨遭*害。一切结束后，戴斯蒙在露西的帮助下试图逃离实验室。
以上便是初代《刺客信条》的大致剧情。
三、初代《刺客信条》与《刺客信条2》三部曲
在2009年至2011年期间，育碧陆续发售了《刺客信条2》《刺客信条：兄弟会》《刺客信条：启示录》三部作品，完整讲述了一代刺客大师艾吉奥（Ezio）跌宕起伏的一生，该系列是《刺客信条》游戏上的经典作品，也被称为"艾吉奥三部曲"，而其与一代《刺客信条》之间的关联则是由现代剧情部分来衔接的。
戴斯蒙和露西成功逃离实验室后，来到了一个藏身处，这里有一台Animus2.0虚拟机，戴斯蒙进入其中，希望继续通过祖先的记忆获得伊甸园碎片的线索，并通过探索未知记忆，获得祖先们的刺客技，而这一次他回到了意大利的文艺复兴时期，得到了他的另一位祖先艾吉奥的记忆，《刺客信条2》古代部分的剧情就此展开。
在《刺客信条：启示录》中，艾吉奥根据父亲留下的线索，寻找到了初代主角阿泰尔建造的一个秘密图书馆的钥匙，最终明确了埃齐奥和阿泰尔的关系。而现代部分，戴斯蒙在《兄弟会》中为了获得金苹果来到罗马，在获得金苹果的一瞬间，身体被控制，*掉了露西。在《启示录》中，则因为昏迷，精神进入了animus岛屿，和上一个被阿布斯泰格绑架的刺客后裔实验者16号见面，最终解开了谜题。
四、"肯威家族三部曲"《刺客信条3》《刺客信条4：黑旗》《刺客信条：叛变》
从《刺客信条3》开始，阿泰尔和艾吉奥的故事暂时告一段落。游戏中古代剧情的设置也由中世纪的中东和欧洲转移到了18世纪的美洲。不过不同于"艾吉奥三部曲"之间剧情的紧密结合、一气呵成，"肯威家族三部曲"在时间设定上并没有延续性，而是通过不同家族成员在特定历史时期的特殊经历展现了18世纪美洲地区的历史风貌。
三部曲的开篇之作《刺客信条3》在现代剧情部分承接了《刺客信条：启示录》中戴斯蒙的部分，戴斯蒙苏醒后，根据得知的线索开始寻找大神殿，从而引出了他的另一位祖先康纳•肯威的故事。而戴斯蒙的故事也将在本作中迎来大结局。
《刺客信条4：黑旗》的主角换成了3代中康纳•肯威的祖父爱德华•肯威，背景设定在了1715年海盗盛行加勒比海上。血缘关系当然是两作之间最明显的衔接，此外《刺客信条》系列官方小说《遗弃》作为《刺客信条3》的前传小说，在3代和4代的衔接方面也能起到丰富剧情的作用，建议没看过的玩家可以抽时间看看。
《刺客信条：叛变》是否算是《刺客信条》系列的正传作品在玩家中间一直存有争议，不过本作在系列剧情方面的承上启下作用确是有目共睹的。游戏的背景设定在1752年到1761年的英法七年战争期间，在时间上看，既是《刺客信条4：黑旗》的续作，也是与3代早期平行的一个时间段。该作的主角谢伊•科马克是一名背叛刺客教团投奔圣殿骑士的叛徒，游戏中会出现大量3代和4代游戏中的人物，比如康纳的老师阿基里斯、《自由呐喊》主角阿德勒瓦等等，特别是3代主角康纳•肯威的父亲海尔森•肯威会在其中拥有不少的戏份。
