另外一边，杰克等人从昏迷中醒来，发现周围到处都是外星人。他们迅速解开绳子潜入水中，憋了足足3分钟，从而避免了外星人的搜查。
在这艘巨大的外星宇宙飞船上，有一个完美的生态循环系统。几个人偷偷进入中心区域，他们计划偷外星战斗机。为了给众人拖延时间，杰克主动前去引诱外星人，他还学孙悟空留下了到此一游的证据。这波*操作成功激怒了外星人。关键时刻，小黑成功启动外星战斗机，帮助杰克及时脱离危险。这时候，他还不忘学习史密斯，可惜没有史密斯力气大，并没有把外星人打晕，吓得他拔腿就跑。
经过一场激动人心的追逐后，几个人成功逃离了外星飞船。此时，基地正面临着外星人猛烈的进攻，成千上万的外星飞船一拥而上，重型武器加上坚不可摧的盾牌，人类毫无还手之力。
与此同时，前总统已经驾驶者装满了核聚变导弹的轰炸机，拖着诱饵向无人区驶去。果然，外星女皇落入了陷阱。前总统在女儿的掩护下，成功地进入了外星人的飞船。然后，大卫启动了防护罩，将外星女皇困在了防护罩里面。外星女皇只能眼睁睁地看着前总统引爆了核弹，顿时，外星飞船被炸得粉碎。
然而，飞船虽然被炸毁了，但外星人还在战斗，说明外星女皇并没有死。果然，下一刻，一只巨大的女皇缓慢地从废墟中站起。原来，外星女皇自身也带有防护罩，核弹对她完全没用。她迈着几十米长的大长腿，在校车后面拼命地追击。
大卫驾驶的校车在女皇脚下生死逃亡。前总统的女儿见大卫有危险，驾驶着战机夹打了火力进攻，无数激光射向了女皇。然而，因为有保护罩，并没有对女皇产生任何伤害。女皇随手就是一炮，顿时一架人类战机就被摧毁了。不久后，人类的战机全部覆没，仅剩下前总统女儿驾驶的战机。前总统女儿冲向前，不断射击，最终在女主的帮助下成功打破了女皇的防护盾。然而，她的战机也被女皇的触手击中，她及时按下了逃生降落伞。女皇向她走去，杰克等人驾驶的外星飞船及时赶到，摧毁了她的武器。然而，51区出现了问题，导致被关押在那里的外星人逃了出来，并找到了藏在隔离区的白球。女皇得知消息后，转身冲向51区。在保护圈中，杰克等人驾驶的外星飞船被控制着，但他们成功摧毁了女皇的武器。女皇爬上基地的屋顶，杰克几人趁机攻击她的触手。女皇慌忙逃跑，但杰克几人紧追不舍，最终在狂轰滥炸下，女皇的生物铠甲应声打开，她挣扎着爬出。最终，女皇倒在沙漠上，白球也从她手上掉了下来。
女皇的死使所有外星人失去了战斗力，大西洋上的钻机停止了，母舰也逃离了地球。在白球的帮助下，人类文明的技术将再次取得胜利。在不久的将来，人类将实现星际穿越技术，摧毁外星人的老家。
