如何将这样一个简单的玩法框架做出差异？制作团队选择从剧情进行突破。
由于前作开发时间短，制作团队只做了一些基础设定，时代背景参照《鲁宾逊漂流记》设定17到18世纪，设计主角时没选择完全原创，而是通过各种线索影射了几位求生类综艺的知名人物，如《荒野求生》的贝爷，但叶田希望能在《荒野日记》中创造一些原创人物，并且通过故事将原创人物的人设烘托出来。
如何创作一个可以打动尽可能多玩家的故事？制作团队决定从故事的底层情感入手。哪种情感更容易引起玩家共鸣？爱情和亲情。
两种情感之间如何抉择？制作团队参照了当时上映的电影《摔跤吧！爸爸》后发现，父女之间的亲情，能让很多人感同身受，用户接受起来没有门槛，也便于做细节设定。因此，制作团队将故事底层情感核心确立为父亲对女儿的爱和保护。
按照制作团队的规划，《荒野日记》的故事发生在《荒岛求生》之前，他们希望能找到可以参照的真实历史事件，能让玩家更有代入感。查询大量资料以后，制作团队参照了欧洲中世纪黑死病引发的大瘟疫，虚构了名为水疫的瘟疫灾难，将故事设定为在水疫刚结束的秩序混乱时期，主角带着女儿重返家乡的故事。
制作团队希望故事中的主要人物能给玩家留下深刻的印象，就参照“七宗罪”设计了“十二门徒”的暗线，用《圣经》中十二门徒的传说暗示各个主要角色的命运，并以此出发确定了故事中十二个主要角色的性格特征。
在确立主线剧情和主要人物以后，剧情策划再根据核心玩法的需求，用具体的剧情故事把人物穿起来。为了让内容更生动饱满，剧情的设计和填充差不多花了一年时间。
制作团队曾在玩家论坛中展示过部分剧情设计手稿，可以发现，故事背景、主要人物的性格特征，水疫灾难的编年史都有极为详细的文字设定。此外，制作团队还虚构了一张极为详细的主角路线图，对于路线经过的每个地区的地貌、地形、气温、天气等都做了详细设定。
在《荒野日记》实际游戏体验中，剧情占据了很大的比重：在剧情模式每个章节的开头和结尾都通过简单的动画或多张静态图片展现长剧情，在关卡中交互时也会出现大量情景式的人物对话。
游戏部分人物对话还借鉴了互动叙事游戏的表现方式，玩家的不同选择会影响剧情的后续走向。同时，游戏在提供选项时还展现了其他玩家的选择比例，让玩家在选择时有所参照。
除此之外，游戏还加入了一个特别的玩法设计：自定义人物日记。
在剧情关卡中，主角每天夜晚来临时都会写一篇记录当日状态和心情的日记，玩家除了观看原来的日记之外，还可以按照自己对于剧情的理解，以主角的口吻修改或重写日记内容。
