虽然本作的游戏贴图相比上一代没有明显变化，但在光照以及天气系统上下足了功夫。特别是光照系统，游戏采用了更为真实的环境光及场景灯光，可做到明暗效果比较真实，能有更强的空间感，而不再像以前那样主要依靠贴图的明暗来模拟光效。
游戏上也不再是单线程的剧情模式。玩家可以在通关一个章节后，可以在全球地图上在任意选择下一关。
游戏内的交通工具得到进一步的更新，包括越野卡丁车、冰川快艇、木筏、水下推进器、矿车等，且很多使用交通工具时会有自己的BGM。《古墓丽影3》虽然最后还是获得了一定的成功，但总体上遭到了玩家的不少嫌弃，但和5.6代比起来真的好很多。
1999年，古墓丽影系列的旧引擎颠峰之作------《古墓丽影：最后的启示》进入大家的视野，动作系统和绘图引擎再次升级。
