在《使命召唤6：现代战争2》的结尾谢菲尔德死了，但他却是以一种英雄的身份死亡，而真正的英雄们却已经长眠于地下。如果不能抓到马卡洛夫，那么141特遣队的成员将永远只能被打上叛徒的标签。
在尼古莱的救援飞机，普莱斯看向已经昏迷的"肥皂"，"幽灵"、"小强"和阿伦已经牺牲了，他已经不能再牺牲这唯一的兄弟了。在漫天的战火中，他们飞向了尼古莱口中的藏身处。
而在美国本土，因为普莱斯一发核弹的帮助，美军重夺华盛顿的控制权，但是强大的俄军没有撤退，转而攻入了纽约。通过树立在纽约证券交易所楼顶的全波段电磁干扰信号塔，俄军成功阻止了美军在东部地区的信息传递，东部地区的制空权落入了俄政府军手中。
在谢菲尔德死后，美军指挥官"霸王"接替了谢菲尔德，开始指挥美军本土的作战，但是东部地区此时已经成为孤岛，危难之际，"霸王"命令仅有的一支可以联系到的特种作战部队 ——"合金-01"小队，命令他们在地面部队配合下摧毁电磁干扰塔。
"睡魔"桑德曼和"寒霜"德里克带领着特拉克以及格林奇在孤立无援的纽约与俄军防守部队展开激战。四人经过一番苦战终于击败防守的俄军，夺回了华尔街的纽约证券交易所，炸毁了位于屋顶的全频段电磁干扰信号塔。
