姐妹俩背靠背坐在清澈的溪流旁，感受夏日恬静而清新的空气，这时一只散发着红色光芒的蝴蝶在两人身旁缓缓飘过。
下一秒，澪竟发现身后的姐姐消失不见，她急忙站起身，望见茧正一瘸一拐地向森林深处走去，她似乎被那只飘舞的红蝶所引导，居然走向了那片童年的禁忌之地。
澪急忙追赶上去，随着她越走越深，森林不知不觉间竟陷入一片漆黑，一座古旧昏暗的村庄浮现在远处，两姐妹至此踏入了这片早已废弃的神秘古村--皆神村。
由于四周全部化为了黑暗绵延的茂密森林，姐妹俩已经无法返回，只好硬着头皮进入了村庄。
她们进入到房屋内探索，发现了种种可怕的灵异现象，村庄内外不仅徘徊着许多怨灵，两姐妹眼前还不断闪现出怪异的幻象，似乎有什么极端恐怖的事情曾发生在了皆神村中。
通过村落中的文献，澪和茧发现这上面记载着一种禁忌的存在，它不可看、不可说、不可听，甚至连名字都被“×”所代替。
在探索途中，姐妹俩还发现了一台射影机，用这个机器她们可以暂时击退怨灵，获得安全。
随着探索的深入，澪和茧获悉到了许多碎片化的信息与笔记，终于弄清了皆神村曾经发生过什么。
曾经的皆神村是由黑泽家为首，联合逢坂家、立花家、桐生家和槌原家所掌控的村庄，这座村子与前作中的冰室家一样，也隐藏着一座连接阴阳的黄泉之门，但本作的黄泉之门则更为古怪和震撼，它以一座深坑的形式而存在，被称为“虚”，而这个“虚”其实就是皆神村文献中记载的禁忌之存在。
虚每隔十几年便会发生异动喷发出致命的瘴气，引发名为“大偿”的恐怖灾厄，皆神村的四大家族为了阻止大偿，会举办名为“红贽祭”的仪式，在仪式中会选出一对双胞胎为祭品，让年长的孩子*死年幼的孩子，再将年幼孩子的尸体投入虚中。
被*死的幼子会在仪式之后化为红色蝴蝶守护村子的安宁，而*死ta的哥哥或姐姐则会成为鬼只，在无限的后悔与孤独中过完一生。
他们相信双胞胎实际上是同一个人的两部分，当完成红贽祭的仪式后，双子便会合二为一，期间爆发出的巨大能量足以镇压虚的异动。
这种献祭双子的“红贽祭”在百年来重复了无数次，造成了无数悲剧，而皆神村也恰好每隔一段时间就会诞生出双胞胎，似乎他们的出现就是为了封印大偿而生，冥冥之中命运皆有定数。
在1929年的红贽祭上，立花家的双胞胎兄弟立花树月与立花睦月被选为仪式的双子御子，但由于兄弟俩感情太过深厚，在仪式中树月没能忍心*死弟弟，睦月则是被神官出手*死后投入虚中，这种偏差造成了仪式的失败，这之后失去弟弟的树月悲伤过度，一夜白头。
由于仪式的失败，几大家族赶忙在次年准备新的红贽祭，但在此之前，他们需要举行“阴祭”来争取时间，所谓的“阴祭”就是将路过的外村人千刀万剐，制作成没有四肢的“楔”扔到虚之中，这个“楔”在仪式中所承受的痛苦越多，则镇压效果越强烈。
新一轮红贽祭迫在眉睫，但此时的皆神村中几乎没有双胞胎可以使用，皆神村村长黑泽良宽见状只好忍痛割爱，将自己的两个女儿黑泽八重与黑泽纱重献祭，让她们成为双子巫女。
但此时沉浸在悲痛中的立花树月出现，他绝不想发生在自己身上的悲剧在黑泽两姐妹身上重演，于是他计划帮助八重与纱重逃跑，为此他写信给儿时好友宗方良藏，邀请对方前来做客，计划着到时能让良藏帮助两姐妹逃出村庄。
