其后，秦琼投靠了唐朝，对于他的到来，李渊大喜过望，他甚至说：“你能来投靠我，我都不知怎么回报，只要你开口，我都能割肉给你吃！”与李渊一样，李世民对秦琼也相当器重，将之视为自己秦王府的嫡系。
两军对阵时，若对方有凶悍的猛将，李世民必会让秦琼去会会他。而秦琼每次都单枪匹马前往，总能斩获敌首，秦琼经常以此为傲。当年关羽单骑斩颜良，被后人视为神迹。而秦琼至少将这种奇迹进行了十多次，由此可见正史中的秦琼有多猛。
在具体战斗中，秦琼伏击卢明月，三战尉迟恭皆胜，美良川一战威震天下。无论在演义还是正史中，尉迟恭都是隋唐武将的佼佼者，甚至能轻松战胜单雄信。但在秦琼手上，尉迟恭最终还是落败，被迫降唐。
除此以外，根据唐朝笔记记载，秦琼还曾表演了一个神迹。在与王世充作战时，他曾跃马于敌军阵前，将自己的马槊插在地上。其后敌军派手下人出去拔枪，十几个人一起拔都没拔出来。过了一阵秦琼回来了，一只手就拔了出来。之后，这杆马槊还被李世民专门收藏，只要有重大庆典就拿出来祭祀。
由此可见，秦琼是隋唐时期战斗力最高的几个武将之一，甚至就是第一。不过由于秦琼戎马一生，受伤太重，使其后半生都在与伤病作斗争。因此，秦琼在玄武门之变后，逐渐淡出了政坛，表现不如尉迟恭、李靖、程咬金等人耀眼。而且正因为如此，致使其在凌烟阁二十四功臣中，仅排最后一位。
或许秦琼在凌烟阁的排名直接“启发”了《隋唐演义》的作者，使秦琼在小说中也仅排“十三条好汉”中的末尾。为此，作者更是杜撰了12个武将，让他们排在秦二爷之上。而这种行为，也让没看过正史的百姓低估了秦琼的真正武艺。
总而言之，秦琼的实际武艺和关羽一样，都是当前时代最顶尖的武将。即使是跨时代对比，让隋唐第一对阵三国第一，也算是棋逢对手了吧！
