《海绵宝宝》的故事情节主要围绕着主角海绵宝宝和他的好朋友派大星、邻居章鱼哥、上司蟹老板等人展开，场景设定于太平洋海底，一座被称为比奇堡的城市。内容基本上与海洋知识无关，甚至夸大到完全不合乎科学与常识，还有很多细思极恐的情节。
- 在海底居然还能升火
- 鱼居然还会被淹死
- 章鱼哥作为正常鱼中的代表，一直和一群“疯子”生活在一起，居然没变神经质。换位思考一下，如果自己的周围生活着一群“疯子”，精神上肯定都会一直处于极度紧张的状态，担心那些人会不会做出危及自己的事
- 松鼠珊迪作为一只陆生动物，却长期生活在太平洋的海底，先不说这能不能实现。但是它生活的那个，人造陆屋，造价就已不菲，若不是豪中豪压根弄不起。另一种可能就是，这只松鼠其实是人类进行“陆生动物海底生活计划”的实验小白鼠。还有可能是陆生动物的间谍
- 比奇堡与核试验，蟹老板的女儿是条抹鲸。粉色派大星的爷爷是绿色的海星，奶奶是条鱼，叔叔是只海蛞鱼。曾祖父长了根胡萝卜样的脸。整部动画片，家庭关系几乎是混乱的，物种奇形怪状，被认为影射了真实生活：1946至1958年，美国在太平洋比基尼岛共进行了23次核试验。
- 一个单细胞生物的妻子是一台智能电脑。一个曾统治过去，一个也许会统治未来。而他们，是一个战线的。
- 有一集中，“海绵宝宝表演讲笑话，但实际上一点都不好笑，台下所有鱼都冷漠地嘲笑他，只有珊迪给了他一个安慰性的微笑，然而台上的他却用珊迪的门牙作为笑料讲给大家听。表演成功了，所有鱼都在笑，只有珊迪没有。”
- 有一集中，海绵宝宝被章鱼哥说他不正常。所以海绵宝宝尝试变成正常人，却与好朋友逐渐疏远，于是努力变回原来的样子，可都没成功，最后竟是被变成正常人的章鱼哥吓回了原来的样子。”
- 有一集里，海绵宝宝早上醒来后，整个比奇堡的市民都不见了，只剩他。
乐观的海绵宝宝决定“留住所有美好的回忆”，开始扮演生活中的每个人，来和自己交流。但海绵宝宝发现自己并不能代替任何人，陷入了绝望 。正当海绵宝宝暴走时，一辆大巴车开了过来。比奇堡的居民们全部回来了。蟹老板解释说他们是去过“无海绵宝宝日”了。原定只有一天，可大家太过陶醉，所以好几个星期才回来。这时候派大星穿着印着无海绵宝宝日logo的文化衫走了过来。海绵宝宝伤心地说：“你也是，派大星？”派大星理所当然地说：“对呀，这个标志就是让大家远离你的”，然后发出了诡异的笑声。
海绵宝宝含着泪说“你们高兴就好……”（其实特别难过）。
细想一下，海绵宝宝爱着所有人，大家却喜欢过没有他的生活。如果这事发生在自己的身上，你会怎么样？
《海绵宝宝》虽是动画片，是纯洁天真的，是给儿童筑梦的。但到了成年人眼中就变了模样。充满了对现实生活的隐喻讽刺。在这个层面上，《海绵宝宝》是给所有人的礼物。
