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目前发现的动物化石，大多都是多细胞动物化石显然是多细胞的，因为它们能产卵。动物的初始阶段显然是单细胞的，并从有核单细胞藻类进化而来（但早期的单细胞动物化石尚未被发现），这似乎令人难以置信，但理解起来并不奇怪。因为最早的动植物有时很难区分，比如单细胞的单眼虫，他也是原生动物因为它有鞭毛和叶绿体，也可以进行光合作用。还有草履虫，它具有动物和植物的特性。
至于动植物之间的区别？地质学家推测，藻在7亿年前，由于地球的冰河时代的结束和地球的气候变暖，这导致了海洋中有核细胞的大量繁殖，竞争非常激烈，促使一些藻类进行光合作用，不断提高其生产营养素的能力。随着时间的推移，动物在细胞中的功能逐渐丧失，慢慢变成了真正的植物——藻类；为了生存和发展，一些藻类不断利用运动的功能占据有利的区域。即使在危急时刻，它们也会抓住其他脆弱的原核细胞。从长远来看，植物的功能逐渐丧失。相反呢，运动的能力、吞咽能力和消化能力越来越强大，使得单细胞动物变成原生动物。
近年来，美国科学家发现了一只蜗牛。当它们吞下大量藻类时，它们会将藻类的叶绿体留在自己的体内并发挥作用，从而依靠阳光和二氧化碳为自己生产食物。这充分表明，在低等生物中，动植物之间的界限不是很清楚，可以相互转化。这也许就是原生动物出现后为什么藻类会逐渐减少的原因。随着动物的不断出现，藻类对地球近30亿年的统治终于结束。因此，这一时期也可以称为原生动物时代。
新元古代末期(距今5.7至5.4亿年)
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1946年，在5.7~5.4亿年前的澳大利亚南部埃迪卡拉山脉的砂岩中发现了大量奇异的化石。大多数是平面印模，一般只有几厘米大小，有些可以达到1米以上。它们身上没有骨头，外面也没有硬壳。这种新的生物群后来在除南极洲以外的各大洲被发现。一些学者认为它们属于腔肠动物的水母和水螅，环节动物和节肢动物的多毛类；另一些人认为它们缺乏动物的运动、进食和消化等功能，因此它们应该归于类似的植物和真菌或一种特殊的有机体；有人根据它们与寒武纪生物爆发后不同的生物学特征，将其归因于生物爆发前失败的生物进化过程。总之，由于这种生物群的特殊性，它引起了广泛的关注和争论，并成为一个悬而未决的谜。
近年来，由中科院南京地质古生物研究所朱茂言研究员带领的中澳美研究团队在贵州省江口县黑色页岩中发现了一种保存完好的动物化石——八臂仙女母蠕虫（图3），为固体化石，与埃迪卡拉的遗迹化石不同，它属于成年人，因此个体较大。它的直径约为2~4厘米，身体上有8条平滑的螺旋状向外旋臂，这是肌肉结构。它被包裹在身体外的一层薄膜中。当它缓慢移动时，黄金依赖于这些肌肉。
这个重要的发现一经发表，便引起了广泛的关注，这是为什么呢，因为它是埃迪卡拉生物群种唯一的一个固体化石，也是目前发现的最古老的成年动物化石，这个化石和现代的珊瑚，还有水母等等的动物相似，这就表明了，埃迪卡拉生物群与古生代的生物群有直接关系。
我国发现了一些6.45亿年前和5.2亿-5.8亿年前的动物胚胎或者是动物类似卵子的化石，这些化石也许是寒武纪生命大爆发的前奏，这也能充分的说明，寒武纪的生命爆发绝非一个偶然的事件，与云南澄江动物群一样，寒武纪大爆发的第二幕，世界上仅在中国澄江地区发现。
从上面的介绍中不难看出，尽管进化论无法完全揭示当今地球上生命如何产生的巨大问题，但它并没有损害进化论的伟大和荣耀，因为从最早的地球化石记录（达尔文当时并不知道）来看，它已经完全证明了地球上的生物确实是来自最底层的原核细胞（虽然病毒比原核细胞更原始，但不能作为化石保存下来，所以人们更难理解），真核细胞、多细胞细胞等都是一步一步进化而来的。
