西尔维斯特·麦考伊（Sylvester McCoy）饰演的第七任博士
到1989年，或因收视率下降，或因BBC管理决策层无脑，《神秘博士》一度停播，博士一度告别电视荧幕。不过在此之后，第七任博士的故事依旧出现在《神秘博士》的周边比如漫画书、有声书、广播剧等作品中。
第八任博士
到1996年，BBC推出一部电视电影试图重启《神秘博士》这个超级IP。在这部电影中，第七任博士开场不久便意外中枪，然后重生，主角被换成由保罗·迈根（Paul McGann）饰演的第八任博士。遗憾的是，这部电影在制作上水准平平，重启《神秘博士》的想法在当时未能如愿。尽管这位第八任博士只在电影里出现过一次，但是在《神秘博士》的官方设定中，由保罗·迈根饰演的这一任博士仍然被列为第八任博士。甚至在2013年，《神秘博士》剧组专门邀请保罗·迈根这位演员回来，出演了一个叫做《博士之夜》（<The Night of the Doctor>）的七分钟迷你短片，讲述博士从这位第八任重生成第8.5任"战争博士"（The War Doctor）的经历。时隔近二十年，才算是把旧版和新版之间的一个坑给填上（新版开启于2005年，为什么会有第8.5任下文会详述）。
保罗·迈根（Paul McGann）饰演的第八任博士
第九任博士
2005年3月26日，新版的《神秘博士》终于回归到BBC One电视频道，由拉塞尔·T·戴维斯（Russell T. Davies）担任总编剧，由克里斯托弗·埃克斯顿（Christopher Eccleston）饰演第九任博士。新版的《神秘博士》直接延续了1963年–1989年的老版系列和1996年电视电影的剧情。所以尽管克里斯托弗·埃克斯顿饰演的博士在新版《神秘博士》里面他是第一任，但是按照《神秘博士》官方设定，他应该是第九任才对。
新版《神秘博士》第一季至第四季的总编剧拉塞尔·T·戴维斯（Russell T. Davies）
