池田朝右卫门
《银魂》动画第三季横跨三大重要篇章，彼此互有关联。「死神篇」中，专门斩切腹罪人之首的池田家之养子「池田朝右卫门」首度出现，内容交代了一桥喜喜、佐佐木、高杉之间的秘密，为接下来的「将军暗*篇」埋下伏笔。「将军暗*篇」中，一桥派企图暗*现任将军德川茂茂，让一桥喜喜成为新将军，御庭番众的服部、猿飞等人虽一时阻止了，却不知在一桥背后有神秘靠山。
真选组把将军送到安全地方，但一桥派派出春雨第七师团（神威等夜兔军团）和鬼兵队试图暗*将军，银时与高杉决斗时，天导众突然出现，众人才知晓原来一桥派的后盾就是天导众。一桥派听从天导众指示背叛了鬼兵队与春雨第七师团，于是银时、高杉、神威与真选组联手与一桥派、天导众决战，将军虽在众人保护下平安无事，却被信赖的臣子用毒针刺伤，得知自己将死的将军，喝着妹妹澄夜泡的茶，在妹妹膝上永眠。故事中也交代了银时为了保护桂、高杉而亲手将恩师吉田松阳斩首等回忆。此篇虽加入了搞笑元素，但整体氛围沈重，可说是《银魂》系列作品中最严肃的章节。
过去的冲田、近藤、土方
「再会了真选组篇」描述了未能保护好将军的真选组，在一桥喜喜的政权下解体，近藤勳、松平片栗虎被宣布要在黑绳岛进行斩首，为了解救两人以及被抓走的桂，真选组、万事屋、攘夷党一同前往黑绳岛，一行人受到天导众的直属暗*集团天照院奈落和见廻组阻挡。
银时与天照院奈落的「虚」对战时，发现虚长得和恩师吉田松阳非常相似，因而感到犹豫。见廻组的佐佐木在战中领悟，不该再为蛮横的国家继续*人，最后为了抵挡天照院奈落的炮弹，选择用肉身保护信女、铁之助而死。最后近藤、松平虽成功被救出，但是背叛幕府的真选组选择离开江户。此篇的内容较为沈重，但也是《银魂》主线的关键部分。
动漫集数 | 标题 | 内容 |
动画第279～281集 | 朝与夜的死神／人鬼与否／永别了，死神 | 【死神篇】 |
动画第290～291集 | 钱包不要放在裤子后面的口袋／要小心在晴天撑伞的家伙／干涉别人打架是很包包要随时打开放着，就像里面塞了五千万圆一样／包包要随时打开放着，就像里面塞了碎石子一样 | 描述了坂本辰马、陆奥两人的过去。 |
动画第300～307集 | 光与影的将军／忍村／忍者魂／最后的五个人／保护万事之人／仇／战后乌鸦叫／再见了，好友 | 【将军暗*篇】 |
动画第308～316集 | 鬼哭之日／英雄总是会晚到／遗忘之物／逃狱／野狗／没能传出去的简讯／业／信女／再会了，真选组 | 【再会了真选组篇】 |
《银魂.》动画「第四季」
天导众的「虚」
知道事实后，银时决定要与自己过去的恩师决斗。另一方面，得知鬼兵队、春雨第七师团几乎被灭团的神乐，为了寻找哥哥神威，和鬼兵队一起前往洛阳。此篇交代了神乐一家的过去以及*死虚的方法，并解释了「胧」是用虚的血复活等重要主线内容，最后胧被高杉*死，胧在死前向银时们交代了虚的目的是：让地球的龙脉暴走、解放军进攻地球，形成宇宙规模的大战。
神乐一家
「银之魂篇」描述了对天导众不满的天人解放军来到地球，主角们一行人、歌舞伎町的住民为了保护自己的家园展开激战，在坂本、桂、喜喜将军与解放军干部紫雀的交涉下，攻击获得平息，但圆翔皇子却背叛紫雀，夺取了解放大军的领导权并抓捕一行人。另一方面，虚虽然因地球的龙脉（又称艾特纳）得到不老不死的力量，却为了结束自己而欲摧毁地球，万事屋与信女与虚展开激战，在危机时刻，源外老头制作的阿姆斯壮源外炮展开攻击，喷射出让机器当机的物质，以停止战争，但代价为机器人小玉、金时的自身能量，主角一行人趁此机会展开攻势。
在宇宙的桂一派要求央国星派出太空船包围圆翔的太空船，地球则由歌舞伎町的居民们、万事屋来保护，战事总算稍事缓和，但正当大家卸下心防之际，源外老头却被抓走，神乐察觉抓走源外老头的为夜兔，开始单独行动，趁乱救出源外，却遇到阻挠，神威及时出现救了神乐，并与孙老师率领的夜兔激战。而隐藏在地球下的龙脉开始暴走，能够抑制此能量的，只有黄龙的巫女与狛神（定春）。宇宙中，解放军打算向地球发射可毁灭地球的炸弹「火之迦具土神」，此时高杉突然出现，桂、高杉、坂本三人在解放军的母舰中会合。
