在哈尔滨他又创立了哈尔滨医科大学的前身哈尔滨医学专科学校，并创立中国第一家现代综合医院北京中央医院（今北京大学人民医院），参与创立北京协和大学。还是中华医学会的创办人之一。他1913年在《柳叶刀》杂志发表论文，是第一位在国际顶级医学期刊发文的中国人。他还是创立海关检疫的第一人。曾任上海海港检疫所所长。
1937年抗战爆发后伍连德离开了服务30年的中国返回故乡马来西亚槟榔屿行医。1960年1月21日与世长辞，享年81岁。去世前一年他出版了自传《鼠疫斗士：一个中国医生的自传》。他写道：“我曾经将我的大半生奉献给古老的中国，从清朝末年到民国建立，直到国民党统治崩溃，那一切在许多人的脑海里记忆犹新，中国是个有五千年历史的伟大文明古国，历经世世代代的兴衰荣辱，才取得了今天的地位，我衷心的希望她能更加繁荣昌盛。”
伍连德博士扑灭数次疫情，创办医院，发明口罩，为中国人民的健康事业做出难以磨灭的杰出贡献，因此人们用“国士无双”来称赞他。当我来到伍连德纪念医院，漫步这座小院看着伍连德博士的塑像，相信此时的他一定会为我们祖国的强大，我们又一次战胜疫情而感到高兴和欣慰。
