《名侦探柯南》最紧张刺激的当属柯南与怪盗基德的对决了，一个曾是闻名遐迩的名侦探，一个是让警察恨之入骨的江洋大盗。这俩个人可以说是天生的对头，一个想要抓捕，一个想要逃离，除了外貌以外，有时候他们的性格也有一点点相像，其实都是为了证明自己厉害。但是不知道从什么时候开始怪盗基德就已经知道柯南的真实身份就是工藤新一。当然以怪盗基德的智慧，知道了柯南的真实身份也不足为奇。
在剧场版《世纪末的魔术师》中，当结尾毛利兰怀疑柯南身份的时候，怪盗基德化身工藤新一帮助他解围，瞒过了小兰。这一事件其实就是交代了他知道柯南的身份就是工藤新一，并且他还知道这个侦探为了某个原因有意隐瞒自己的身份。在最新的《绀青之拳》中他更是直接假扮工藤新一带着柯南去新加坡查案，那个时候毛利小五郎和毛利兰都在场，所以他还是很清楚柯南的真实身份的，所以他才如此大胆，不怕真的新一前来拆穿他。毕竟自己有着新一的把柄在手里，也不怕他真的前来找自己算账。而且很有可能他还知道灰原哀就是宫保志野。因为柯南曾经让他化妆成宫保志野来吸引贝尔摩德的追*，从而保护灰原哀。
尽管这是暗示比较明显的，但是并不是最早的。最早的应该是在76集，具体说明却是在219集。在219集《名侦探的聚会工藤新一vs怪盗基德》特别篇中，讲述了怪盗基德与未变小的柯南的对决，但是这个故事的大背景却是在76集怪盗基德准备盗取铃木财团的宝贝的时候，而这集只不过是回忆往事，所以这应该是最早的能够证明基德发现柯南的一些相关信息的线索。
而至于如何知晓的，虽没有明确的交代，但是能够推断出来。据传怪盗基德本是个家境富足，衣食无忧的公子哥，只不过厌倦了这种衣来伸手的生活。所以才一次次的当小偷，只为了找寻刺激，也为了证明自己。
对于柯南这种头脑异常聪明的神童，基德不可能没有兴趣，不过要调查一个人的信息，对于他来说并不困难，即便是找别人帮忙，也是能够轻易办到的。所以他的人脉应该还是很广的，想要调查一个人的身份应该不是什么难事。而且他能够轻松地探听对方的电话，这也足够使他调查出柯南的身份。
而且在他与柯南的多次较量中，可以说难分伯仲，每次他都能够化险为夷逃避追捕。这与他缜密的思维和敏锐的观察力是分不开的，多次的交手足够他去了解一个人。连大阪的侦探服部平次都能够猜出柯南的身份，所以他应该也有此实力。他向来自大张狂，本就瞧不起几个人，柯南绝对是他敬佩的对手，但是柯南无论是思维还是身上的装备都不像是一个简单的小孩子，很像曾经的敌人工藤，所以只有一个可能他就是工藤。
还有怪盗基德与工藤的母亲有希子算是师兄妹，都是从盗一那里学得易容术。所以说关系应该也是不错的，很有可能柯南的身份就是有希子有意或无意泄露的，因为她想要这个神通广大的师弟保护她的儿子。所以我们能够看到尽管两个人是死对头，但是到关键时候总是会相互帮衬，尽管剑拔弩张，但是工藤却不止一次的放过这个小偷。可以看出他们两个的关系还是不错的。
