少年时期的自来也意外来到妙木山，此时的蛤蟆丸已经成为了大蛤蟆仙人，并且做了第三个预言梦，梦见一个人类孩子将会意外来到妙木山，而这个孩子正是自来也，于是自来也在木叶村和妙木山之间来回穿梭，同时修行着忍术和仙术，并且获得了通灵兽蛤蟆文太
在自来也修行结束时，蛤蟆丸做了第四个梦，梦见自来也将会游遍世界，并且还会写书，而收的弟子将会给世界带来巨大的灾难，很快，第四个预言就实现了，自来也开始了巡游世界并写书，另一边的大蛇丸获得了通灵兽万蛇，纲手则获得了蛞蝓
距离鸣人出生12年前，第二次忍界大战爆发，各大国展开了日夜不眠的战争，而位于三大国之间的雨隐村成为战争的主要枢纽，同时也是毁坏最严重的地方，另一边，年过古稀的斑将自己的轮回眼，移植到了一名叫长门的小孩身上
11年前，木叶三忍收留了流浪的长门、弥彦和小南三人，而长门无意间展现出的轮回眼，让自来也想起了蛤蟆丸的第四个预言梦，于是将三人收为弟子，在第二次忍界大战期间，木叶村进行了柱间细胞人体实验，但结果均失败，于是被禁止了继续实验，但背后的大蛇丸和团藏，仍偷偷进行着实验
紧接着时间来到10年前，即将走到生命尽头的第一任九尾人柱力旋涡水户，让旋涡玖辛奈成为第二任九尾人柱力，与此同时，其他尾兽也进行了人柱力更换，在这激烈的第二次忍界大战中，以木叶的胜利告了一段落，这次大战让各大国付出了惨重的代价，于是纲手提出了医疗术的概念，能在最大程度上减轻伤亡，医疗专家由此而来
8年前，10岁就能使用五种性质的查克拉和各种术的长门，与弥彦以及小南创建了“晓”组织，试图通过人与人之间的交流，架起通向世界和平的希望之桥
一年后，自来也回到了木叶村，波风水门成为了旗木卡卡西、宇智波带土，和野原琳的带班上忍，距离鸣人出生4年前，第三次忍界大战爆发，在这一战中，三代雷影死亡，其儿子艾成为四代目雷影，带土为救卡卡西失去生命，临死前将写轮眼移植给了卡卡西，并嘱咐卡卡西照顾好琳，而带土被斑带走将其救了回来
随后斑一手策划了琳被卡卡西*死的计划，并让带土亲眼目睹这一切，黑化的带土则顺利中了斑的圈套，按照斑的意志执行着复活斑、收集尾兽计划，与白绝成为一体后，带着独眼面罩，自称宇智波斑
另一边，团藏为了争夺火影之位，教唆半藏消灭晓组织，弥彦也因此死去，看着好友的死去，长门抛弃了原本以和谈改变世界的方式，答应了带土的邀请，一同收集尾兽，实现无限月读才能阻止战争改变世界
