《魔法禁书目录》的外传动画《一方通行》即将在明年播出，这部外传作品的动画化说明了一方通行超乎寻常的人气。而一方通行目前已经加入了学园都市的暗部组织，和土御门元春一样进行暗中执行各种隐藏在事件背后的任务的一员活动。
而《魔法禁书目录III》中，当麻被派去解决魔法势力的冲突，而暗部组织就在解决科学势力的问题，不过暗部组织内部分歧严重，也分成了非常多的不同门派。
何为“暗部组织”？
看过《火影忍者》的朋友可能对“暗部”这个词很熟悉，其实《魔法禁书目录》中的“暗部”，还是和《火影忍者》中的“暗部”有一些相似。《魔法禁书目录》中的“暗部组织”是一支直属于学园都市的决策高层统括理事会的组织， 负责执行暗*、灭口、对抗外来势力带来的威胁、研究黑科技、以及用暴力手段违和，以及消灭一些事件存在的证据的隐秘活动，简单说，把那些“不能让人看到的，肮脏的活”都给处理掉的部队。最高负责人为亚雷斯塔·克劳利。
暗部组织目前一共有9个势力，每一个组由4人组成，虽然说是暗中处理一些“麻烦事”的部队，但却将学园都市的大量精英学员纳入其中，因此各个势力的实力也得到平衡，但这样反而造成了不同势力的斗争。
集团
组成成员为土御门元春、一方通行、结标淡希和艾札力。一方通行作为最高战力在其中发挥作用，但却很难控制其行为，喜欢独自一人擅自行动。土御门元春是学园都市和英国清教双重间谍，是站在魔法阵营和科学阵营之间来回徘徊的男人，任务执行经验充沛，行动力几乎比当麻都更强；结标淡希以LV4的能力坐标移动，方便任务的完成；艾札力原来是中美洲最大魔法结社“有翼者归来”所属的魔法师，现在加入科学阵营，其能力可以轻易伪装成他人，因此非常方便间谍活动。
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