MS-06M水中型扎古，是吉翁按照UC 0075年《水中用途MS开发整备计划》，在MS-06F型（最范用的扎古II型）的基础上改进而来的历史上第一台水战用MS。当时吉翁军的想法是地球表面70%以上面积是水，能在水中作战的MS需求很大。所以研发人员就在扎古外部加上防水罩，背部的喷射背包换上了辅助推进器，武器改为4连装鱼雷发射器，为下一步水下MS的研发做出前期探索。
由于MS-06F本身就是陆战用，因此就算更改了部分装备，性能还是不佳，依旧无法满足吉翁军的水下作战需求。所以它早期只在北大西洋的潜水艇实验部队使用过，为未来水下MS开发积累资料和数据。这款MS总共生产了7台，后来在地中海登陆作战的时候由于MS数量不足，所以实验后被封存的它们也被投入了战场。作战效果并不佳，并且损失了2~3台。
