贝克街的亡灵
东京·米花市·米花市政大楼，这里正在举行，能够一举改变全世界游戏业界价值观的模拟游戏「茧」的发表会。结合了最先进技术的「茧」，其游戏方式是先进入 一部外型酷似蚕茧的大型胶囊，透过计算机的操作让游戏者沉睡于历史上曾经发生过事件的时代，并进行挑战的虚拟体验游戏。柯南、小兰、灰原以及少年侦探队的 成员们也接获邀请，前往参加这场受到全世界瞩目的发表会，并阴错阳差的混入政界、财经界以及演艺界等代表人物的小孩群中，趁机乘上了「茧」。另一方面， 「茧」的研发者兼负责人—坚村，竟然在发表会会场遭到*害。而在这起*人事件发生的同时，一个自称「诺亚方舟」的人工智能闯入「茧」的计算机系统，并切断 身处虚拟世界的50名孩童所有能与外界连结的管道，对现实世界中所有的招待者宣布：「在这场解决历史事件的游戏中，只要有一个人能够存活到最后就算你们 赢。不过如果没有人能够存活到最后，参加游戏的所有人就会葬命于此。」开始了一场失控的游戏……
少 数知道柯南身份，同时也是工藤新一的父亲，世界名推理作家—工藤优作也是这场发表会的特别来宾。优作负责监修「茧」游戏中的历史事件，虽然能透过推理找出 坚村遭到*害的原因，但关于柯南一行人，他只能在控制室看着他们的表现。柯南一行人必须在「茧」所设定重现的19世纪伦敦贝克街，同时也是福尔摩斯留下无 数传说之地，挑战一连串的考验。一场结合虚拟实境与现实，用50条生命为赌注的游戏即将开始！
迷宫的十字路口
又 是樱花漫舞的时节，整个剧场版充满浓重的日本传统气息。在历史古都京都连续发生多次案件，而这些案件多数建筑于历史背景之上。隐藏于历史暗影中的谜团和陷 阱、远远超出想象的事件向柯南和平次袭来！复杂交织的假相与埋在历史中的种种迷题，柯南点燃真相之光。棘手案件与推理、友情和恋情……还有柯南的身体终 于……？！
在东京某个位于西国立市的神社内，有三名可疑的男子正在密谈。突然 有个戴着假面具的黑影男人出现，用日本刀和弓箭在瞬间将三人*害；与此事件同时，大阪、京都也相继发生了*人事件。警方在经过调查后发现，被*害的五人都 是出没于东京、大阪、京都三地，专门偷窃著名佛像及艺术品的窃盗集团「源氏萤」的成员。这个集团以日本历史上最有名的悲剧武将——源义经的故事《义经记》 为名，首脑化名「义经」，部下则以「弁庆」为首，各自以家将姓名相称。
另一方 面，小五郎带着柯南、小兰和园子来到了京都。八年前，位于京都的古老寺院——山能寺中的一尊国宝级佛像遭到偷窃，寺院的住持委托他们解读一幅可以判断佛像 藏匿地点的谜样的画像，因而请来了小五郎帮忙。柯南怀疑佛像是遭到窃盗集团「源氏萤」所窃，事件开始向破解的方向进展。然而在他到达义经、弁庆的传说流传 的历史遗迹——最著名的京都五条大桥调查时，有个手持竹刀的男人突然来袭！
瞬 间躲过袭击的柯南，看到那名男子后感到十分惊奇。那个男子竟是与工藤新一并称的西部高中生侦探——服部平次，同时也是少数知道柯南就是工藤新一的人物之 一。他也是为了追寻在大阪发生的窃盗集团成员被*事件的真相而到达京都，总是在较劲的柯南与平次，这次为了查出事件的真相，决定连手进行调查，但是，两人 万万没想到，戴着面具的黑影男人居然就出现在他们面前！
在稠密的京都十字路口，隐藏于历史阴影的谜题及陷阱将袭击柯南一行人！难解的事件、细腻的推理、友情、爱情以及主要角色全员到齐！而柯南的身体终于……
银翼的魔术师
演员牧树里所拥有的珠宝“命运的宝石”被锁定成为目标！预告函的署名是怪盗基德。但是，预告函为什么是送给工藤新一？基德会再次在柯南面前现身吗？惨剧的真相到底是什么？26个文字、滑道、怪盗基德，这一次的谜题是什么？关键又会是什么？
某天，毛利侦探事务所接到了知名舞台剧女演员牧树里的委讬。委讬内容是牧树里收到怪盗基德预告信，信中指出怪盗基德将在舞台上夺取牧树里佩带的蓝宝石戒指——“命运的宝石”。
于 是毛利小五郎接受保护宝石的工作，依据毛利小五郎的推理，基德将在演出的最后一天前来盗取这颗无价的宝石。在演出的最后一天，毛利小五郎、小兰和柯南受邀 观赏舞台剧，在剧场里错综复杂的人群中，基德到底会假扮成谁出现在大家面前？在紧张的埋伏等候中，出现在大家面前的竟然是工藤新一！？
柯南一方面必须保护宝石，另一方面又不能拆穿基德假扮的工藤新一，因为拆穿基德就等于公开自己身体缩小的秘密。柯南只好盯紧假的工藤新一，一刻都不能松懈。就在舞台剧即将落幕之前，柯南发现假的工藤新一不见了，随即追上，但却在一片混乱之中来是让基德逃脱了。
不 过，“命运的宝石”终究是保护住了，牧树里为了表示感谢，邀请毛利侦探前往北海道函馆的别墅度假，同行的还有一同演出的其他演员。就在大家都搭上飞机前往 函馆的机舱里，一幕精心设计的*人剧码就在大家面前实际上演了。柯南除了要防止基德再度混入人群中，又要解开发生在飞机上的密室*人事件，到底柯南要怎么 行动？
水平线上的阴谋
