忍者的组合/羁绊
在选择参战忍者时，除了考虑他们的品质之外，另外还要注意他们相互的羁绊。
拥有羁绊的多名忍者一同参战，能够给予他们属性、战力上的提升。
成功安排两名或以上有羁绊的忍者进入到出战队伍之中，在阵容界面中有羁绊关系的忍者右下方就会相关的羁绊信息（会以绿字显示）。
更详细的羁绊大全，请查看下文的“全忍者图鉴”。
副本系统
主线任务
主线任务基本按照《火影忍者》的剧情故事来推进，玩家安排队伍来对付动画中鸣人一行人所遇到过的敌人。
主线任务会分为多个章节，完成章节内单场战斗、完成一个章节、完成一定关卡数，都可以获得奖励。
通过一个章节后，可以重玩已通过的章节进行挂机。从而获得掉落经验、铜钱和装备。
进行主线任务，是需要消耗体力的，玩家初次的体力是15（每天有15体力）。首次通关是不消耗体力的。
另外，主线任务还分为普通副本和精英副本，普通副本难度偏低，精英副本就相对较难。完成精英副本可以获得“橙装碎片”等珍贵材料。
战斗系统
战斗的方式
不同的忍者角色，他们的战斗方式都不同。
以低级忍者为例，如鸣人、白、伊鲁卡，就是群体攻击的好手；再不斩是单体功能的能手；静音是医治圣手。
玩家的队伍之中要配备上会使用群攻、单体、救治的成员，以多种战斗方式来加强队伍的实力，这样才能够降低被击败的风险。
查克拉
游戏的战斗不需要玩家操控，所以要战胜敌人，取决于忍者的装备、等级。
另外战斗中，忍者下方的四个查克拉量表会透过击中敌人、为同伴恢复血量而增加（每次增加一点查卡拉），当查克拉满4格时，忍者就会强化他们的战斗力。
