“邪天降临之章”流程相对比较短，讲述的就是天草复活之后发生的异象，以及战士们消灭他的过程；而“妖花恸哭之章”才是本作游戏的精髓所在，围绕着罗将神和七个邪铜铎而展开的。
游戏中可以选择的人物比较多，霸王丸、牙神幻十郎、橘右京、加尔福特、娜可露露、查姆查姆。每一位主角的流程都差不多，仅仅是片头的时候每个人都有专属的故事线。
能够成为花讽院弟子的人，都是经过挑选的。曾经的牙神拜入和仲门下时，和仲就已经洞察到了他内心的少许黑暗，但同时也发现了他刻意隐藏的善，最终还是决定将其收入门下。
霸王丸则是柳生十兵卫亲自推送给和仲收下的徒弟。
