孤门进队的那天，银色巨人(奥特曼)终于出现了。巨人和姬矢准同化后觉醒，吉良泽知道这件事后，开始收集数据。分析振动波得知，银色巨人就是以前与真木同化的奥特曼，而且确认他变得更强了。另一点也得到了证实，巨人的光在人们之间传递，从而使战斗能力得到提升。松永得知了这个事实，他对容忍人类受害，持续隐瞒事实的实验方式产生了疑问。(对来访者也有些许不信任。)不知不觉松永变得认为，只要能完全控制巨人，人类就能避免灭亡。因此他私自对姬矢和沟吕木进行研究，对怜也进行了监视。但吉良泽认为只要通过实验完成了抗体的研制，就不需要奥特曼了。与此同时，有一个男人正在悄悄地实施着完全不同的计划，谁也没有注意到。山冈不仅*害了凪的父母，还修改了所有知道自己的人的全部记忆，并且夺走石掘的户籍信息，成为了夜袭队的一员。他欺骗着TLT所有人，等待着某个时刻的到来――吸收奥特曼的光之能量，作为黑暗扎基觉醒。为了达到那个目的，石堀利用异生兽和吕木，疯狂促进奥特曼的进化。当光被他所预知的适能者(凪)继承时，使其精神被愤怒和恐怖支配。接下来把奥特曼的光能转化为负能量吸收，再次作为黑暗扎基觉醒，最终打倒奥特曼。扎基不能忍受自己是根据奥特曼的数据制作出来的“仿制品”。他一直觉得自己才是终极存在，独一无二的奥特曼。扎基不关心地球毁灭与否，只执着于自己的进化。如石堀所料，怜完成了奥特曼的使命后，凪继承了奥特曼的光茫。
扎基的觉醒终于石崛揭露了自己的真面目，开枪击倒了诗织，激发了凪的仇恨心理，他就是未知之手――黑暗扎基。凪追上石崛。石堀将*害凪母亲的记忆在其脑海中复原。凪很快失去理智，被愤怒情感操纵的她变身为奥特曼。但在操纵忘川的石堀面前，她陷入了绝境，光被转换为负能量经由忘川被吸收后，黑暗扎基觉醒了。和仓队长看见新宿出现的扎基，独自一人拼上性命迎战。但是敌我实力悬殊，在黑暗面前和仓的攻击没有任何效果。几乎失去了所有光的奥特曼(凪)，也将迎来穷途末路。
这时，一心想要救出副队长的孤门，跳入了吞噬奥特曼的忘川。虽然他的力量微乎其微，但其勇气在关键时刻唤回了凪的意识。在忘却之海忘川中，孤门的意识与少年时代溺水时的意识同步了。
“不要放弃”，孤门的声音唤醒了凪，成功夺回了奥特曼的光辉。凪努力抓住孤门的手，光之纽带得以连接。
诺亚降临
孤门从凪那里继承了光芒，终于变身为奥特曼。
因为黑暗扎基出现一度失去希望的人们，因为奥特曼的现身而重拾希望。
扎基还是很高兴。只有打倒了最强的奥特曼，自己才是最强的存在，而且还能得到再次进化。
终于，银色巨人和黑色巨人的最终决战开始了。在这场激战中，孤门的脑海中传来了姬矢、怜的寄语。孤门从幼年形态变身为红色青年形态，随后变身为蓝色青年形态，与黑暗扎基展开激战。
新宿的人们目睹了这场激战。他们终于想起了“奥特曼与THE ONE的决战”记忆，还有奥特曼的存在。身受市民的声援之后，孤门变身为奈克瑟斯奥特曼最终形态“诺亚奥特曼”。诺亚拥有强大的力量，用铁拳将黑暗扎基击入宇宙空间。两人分别在地球和宇宙进行了光线对决，最后诺亚打败了黑暗扎基，取得了最终胜利。被黑暗扎基利用的忘川，受到了无法修复的伤害而引发大爆炸。忘川彻底被开放了。失去效果的潜在屏障给人类带来更大的恐惧心理，异生兽的存在无法及时隐瞒了。
孤门并不担心。孤门作为诺亚战斗的时候，清楚地感觉到了。诺亚之所以可以战胜黑暗扎基，是因为民众的声援，会产生源源不断的力量。
人们的勇气与希望――就是奥特曼的最大力量之源。只有敢于正视现实，异生兽才能得到彻底的根除，这才是拯救地球的唯一手段。所以，再也不能消除人们的记忆了，纽带不能被断绝。选择超越恐惧，而不是消除恐惧。这不正是奥特曼的意志吗？这不正是奥特曼寄予人类的希望吗？人类一定可以做到。孤门相信人类的可能性。并且坚信那份纽带。
扎基被打败后的故事与异生兽的战斗还在持续着，但是这次与异生兽的战斗是全民性的。异生兽的存在在世间被公开，人类接受了恐惧，并决心为守护未来而战斗。
作为公共防卫机关的地球解放机构TLT得以保留，当然还有夜袭队。
在新宿副市中心出现异生兽的报道中，夜袭队员赶往现场。在那里，看到了和仓、凪、诗织，还有孤门的身影。
铬金切斯特组成战机编队，纵横驰骋于天空。地面上，姬矢和怜的身影也……
成功从异生兽手中解救出少年的孤门。孤门凝视着少年的眼睛说道：
“不要放弃！”
