黑暗扎基和光之巨人受到超新星爆炸的冲击超越了时空,来到另一个宇宙世界实体化了。另一个宇宙的怪兽们和光的巨人们因此也被卷入到激烈的战斗中。也就是奈克瑟斯梦之战的开端。面对这个预言,政府内部分裂为相信派与怀疑派,两派展开了激烈的争论。相信派,为了防止异生兽毁灭地球,成立了专门的研究组织,并与联合国展开合作,秘密组建了地球解放机构TLT。另外,为了创造出更加完美的预知者,某个实验开始了。这个实验就是,利用优秀超能力者的遗传基因,克隆更加优秀孩子也就是普罗米修斯·项目。TLT根据顶尖科学家们进行的异生兽调查研究,明确了异生兽的真实身份。研究结果与来访者带来的信息一致,异生兽是作为基因飞来的异生兽因子,可以依附地球上的生命进行实体化。最可怕的是,异生兽不属于任何生态系统,只为捕食和驱逐其他生命而存在。正如字面那样,它就是『异生兽』。
失去实体后的扎基布局为了防止地球生物被异生兽因子侵害,解读异生兽因子的工作迫在眉睫。西条波博士倾注了全身心研究,然而,意外正在悄悄地逼近她。某天,西条博士的女儿(西条凪),亲眼看到母亲被一个变身为异形怪物的男子残忍*害。这个男子是一个名叫山冈一的日本人(后来的石堀光彦),西条博士的大弟子。但是,来访者预言让他陷入恐怖与黑暗,最后被异生兽因子附身。那个因子包含了黑色巨人黑暗扎基的基因。
由于特殊部队及时赶来,变为怪物的山冈一逃走了,凪得救了。但是,关于怪物的真实身份他们并不清楚。包含黑暗扎基基因的异生兽因子依附于山冈(石堀),为了达到某个目的,他利用未来会继承光的凪,抹去自己的记忆,并留下觉醒的钥匙,那就是对异生兽的强烈憎恨。他确信,总有一天,这份憎恨会唤醒沉睡在自己内心中的黑暗。
普罗米修斯计划制作一年终于诞生了数名预知者儿童。他们被命名为普罗米修斯之子。虽然一直被监视着,即使年龄已临近当年通话来访者的少年,还是没有发现人们所期待的“完全超能力”。但是,有一个日本少年感受到了异生兽的存在,并将其描绘成画传达给了管理人。这位少年就是吉良泽优(预知者)。吉良泽的出现,基本证实了海本等超能力者传达的信息。吉良泽优预知到2004年,蓝色的发光体会到达日本。千树怜也在这个计划中诞生了。但是怜的遗传因子发生了意料之外的缺陷。这造成了他以后的残酷命运。
奈克斯特剧场版时间到了蓝色发光体飞向地球,与海上自卫队有动一尉同化,成为一只邪恶怪物(异生兽),代号为“the one”。一个月后,红色发光体像紧追蓝色发光体而来一样,与正在驾驶F15战斗机的日本航空自卫队飞行员发生遭遇,发光体与真木二等空尉同化,成为光之巨人被称作奥特曼。在新宿的最终决战中,奥特曼打败了“one”。发光体与真木分离后,作为能源体留在地球上。之后,和姬矢等人同化与异生兽展开了战斗。
异生兽始祖one带给地球的恐怖处理后续这一事件给美国政府带来了极大的冲击。正如吉良泽优所预知的那样,异生兽的出现,给日本带来了巨大灾害。这种灾害与威胁是科罗拉多事件无法比拟的。另一方面,怀疑派因这次事件而沉默了。之后所有的决定权都被来访者支持派掌握。事件发生一个月后,地球解放机构――TLT成为世界性针对异生兽的特务机关,并秘密地在世界各国设立了分部。接着来访者们使用了特殊能力做了一件事:隐瞒“THE ONE”事件。来访者们把巨大的异生兽抑制机器“忘川”的幻像(虚像)投在世界各国的上空,伴随着眩目的光芒,从人们的脑中抹去了“THE ONE”事件的记忆。就这样,“THE ONE”和“奥特曼”的存在被完全隐瞒。之后这个事件被捏造为“新宿大灾害”,重新被人们所熟知。
来访者消除记忆的目的性?他们在母星即将灭亡之际,发现了真相。异生兽捕食人类,其实是为了获得人们的恐惧心。所以异生兽以恐怖的姿态实体化,让捕食对象产生强烈的恐惧心理。恐惧心又会催生更多的异生兽。来访者担心“THE ONE”事件会成为为导火索,让已经潜伏在地球各个角落的异生兽因子大量实体化。因此关于“THE ONE”的记忆都被消除了。与此同时,有关奥特曼的记忆也从人们记忆中消失了。但是,这种行为只不过是暂时的。在不久的将来,出现大量异生兽。受“THE ONE”袭来的影响,世界各地,特别在日本的异生兽因子活性化大大增强了。
在来访者的星球上,奥特曼也无法完全消灭异生兽,超武器计划也失败了。(也就是用扎基消灭异生兽打算)。就没有把地球从灭亡中拯救出来的手段了吗?
但是,来访者偶然得到了第三个选择。在“THE ONE”事件中被消除的恐惧,其实是被收容在巨大机器中作为量子信息体被固定化了。来访者也没预测到,一种未知因子被发现了,那就是异生兽因子抗体。如来访者所料,消除记忆数日后,集聚的恐怖情绪数据在忘川内产生新的异生兽因子。意料之外的是,还产生了一种新的未知因子,在这些未知因子的作用下异生兽因子的活性降低了。
最后未知因子和异生兽因子一起消失了,再也没有被发现。没有人知道其中的具体原因。如果能弄清那个系统,就有可能研制出出消灭异生兽因子的抗体,地球也将免于毁灭。想到这里,来访者对TLT上层下达了新的指示。
继续跟进消灭异生兽的计划为了保护消除“新宿大灾害”记忆的忘川,TLT在关东地区的山间部,建造了秘密基地――自由堡。同时,为了应对异生兽的出现,组建了配备精良武器的特殊要击队夜袭队,还有消除目击异生兽记忆的MP(记忆警察)。他们的任务是保护人类不受异生兽的威胁,此外有一个目的,那就是利用积蓄在忘川内的接触过异生兽的人类记亿,研制出因子(异生兽因子抗体)。因为“THE ONE”事件,在忘川聚集了庞大的数据(恐惧心),这样很难弄清因子发生的机制。需要细分化、差异率较低的数据才能研制出抗体。
来访者通过忘川,在全球范围内展开了名为“潜力屏障”这一特殊屏障的建设。但是,无论是防护罩,还是忘川都是有极限的,忘川的恐怖记忆进一步提高了异生兽的出现率。吉良泽作为忘川区域的CIC,得到了屏障及实验数据的管理权,接着又得到了夜袭队的作战指挥权。处于幽闭状态的吉良泽,也怀着一颗守护人类未来的赤诚之心。他想证明自己被人类创造出来是有意义的,同时也想证明这个实验是成功的。即使付牺牲也要防止受害区域的扩大,这就是吉良泽的理念。但是这里有一个问题,就是屏障的限制时间。每天降落的异生兽因子会对屏障产生影响,不久屏障就会被破坏,这个期限大约为5年。在那之前必须要研制出抗体。如果屏障在抗体研制出来前破裂,异生兽就会大量出现,世界将会毁灭。
时任内阁情报调查室次长助理的松永要一郎,接到密令成为了TLT-J的管理官。虽然此时他并未得到过多的情报,仅仅知道来访者的存在而已。他同意参加实验,与吉良泽一样,下定决心为人类的未来献身。