八阿哥死后，海兰珠因过度思念夭亡的儿子，整日郁郁寡欢，以至大病缠身，一病不起。皇太极虽然心痛失去爱子，但是看着自己钟情的妻子整日以泪洗面，更是疼惜到了极点。
清崇德六年（1641年）九月，皇太极率领八旗劲旅和漠南蒙古科尔沁等部铁骑，与明朝军队洪承畴部进行松山锦州决战。正当双方数十万大军刀光剑影生死搏*如火如荼之际，十二日盛京使节惶惶来报“关雎宫宸妃有疾”。闻知海兰珠生病的消息后，立即兼程快马返回都城盛京，流着鼻血骑了六天六夜的马，就在进入关睢宫时，接到佳人已经病逝的消息，对于途中的皇太极真如五雷轰顶，他飞马入盛京，冲进大清门，直扑关雎宫，但的确是晚了一步，关雎宫里香消玉陨，时年三十三岁的海兰珠，已经永远闭上了眼睛。
这里，只剩下皇太极抚尸哀痛的身影和悲悼恸涕的哭声。这令皇后宫妃和诸王大臣惶惶不安，纷纷劝告他“自保圣躬，勿为情牵，珍重自爱”。
一天中午，皇太极突然昏迷了过去。嘴里胡话不止，而所有的胡话几乎都是在呼唤着海兰珠。嫔妃和大臣们非常害怕，赶忙在神像前摆设祭物，进行祈祷。经紧急抢救，过了好大一会儿，皇太极才渐渐苏醒过来。大臣们把他昏迷说胡话的情况讲了一遍。皇太极开始受到震动。
他懊悔地对大臣们说：“自知过于悲悼，乃大悔日：‘天之生朕，原为抚世安民，今乃过于悲悼，不能自持。天地祖宗，知朕太过，以此示警。朕从今当善自派遣也。” 皇太极还说：“太祖（指努尔哈赤）崩时，未尝有此，天之生朕，岂为一妇人哉”。
但海兰珠的音容笑貌仍令他时时难以忘怀。红颜知己永别而去，皇太极即使贵为天子，也别无他法，所能做的，只有寄托哀思。
为表示对爱妃的悼念，皇太极为宸妃举行了隆重的葬礼，赐谥号为敏惠恭和元妃，元妃即发妻之意，这是清代妃子谥号中字数最多的。可见皇太极对宸妃的感情之深。
在此后的岁月里，月对宸妃的魂牵梦索，使皇太极难以自拔。自宸妃死后，皇太极频繁地举行各种祭典活动，并请僧道人等为宸妃布道诵经，超度亡魂。皇太极亲撰的祭文，情真意切，催人泪下。
群臣们见皇帝平日在宫中时常睹物思人，就劝他说：“皇上每天居住深宫，忧伤的心情没有全部消除，不如出外打猎，换一换心境。”皇太极听从了大家的劝告，遂和众大臣外出狩猎。但海兰珠就安葬在盛京地载门外五里之处，每次出猎，必经过宸妃墓地，总是下马伫立，长时间地凭吊默哀，悲痛欲绝，以茶酒奠祭，泪如雨下地哭祭一番。足见对亡妻的深深怀念。
当初在战场上的指挥若定，运筹帷幄，此时随着海兰珠的去世而消失殆尽。此后皇太极再也没有重返战场，结束了他四十几年戎马征程。
但，这世上最令人感动的就是这种铁汉的柔情。
清崇德七年（1642年）二月，松锦大战捷报频奏，清军取得了决定性胜利，关外四座重镇全部归属清朝，关外障碍既除，那么挥师人关，逐鹿中原亦指日可待。
当年四月，皇太极在盛京皇宫的大政殿为此二人赐宴庆贺，但在这盛宴之上却没有他这位东道主的身影。对洪、祖二人的解释是“朕今日未服视朝衣冠，又不躬亲赐宴，非有所慢于尔等也。盖因关雎宫敏惠恭和元妃之丧未过期，故尔”。
原来，他为了表示对海兰珠忠贞不渝的爱情和无限的哀悼，没有参加这欢庆的喜宴。皇帝都停止了宴乐，但却还有不识相的王公贵族不遵制默哀，硬往枪口上撞。
据史料记载，在海兰珠的丧期内有不从禁令私自作乐的，后经查出，遭受处罚者达数十人之多。其中郡王阿达礼和辅国公扎哈纳的王公桂冠都险些因此而被削掉；其余人均遭到没收家产、罚银、鞭笞、贯耳鼻等处罚。
