黄生爱香玉，并非简单地郎悦女貌，也爱她的才华与内心。听到香玉的和诗，黄生握着她的手腕说：
“卿秀外惠中，令人爱而忘死。顾一日之去，如千里之别。”
他深爱秀外慧中的香玉，已难舍难分，感到分别一日就如同千里之别。此后，香玉每天夜里都会来。黄生想邀绛雪同来，香玉告诉他：
“绛姐性殊落落，不似妾情痴也。当从容劝驾，不必过急。”
一天晚上，香玉悲切地对黄生说他们要永别了，却没有明言。香玉前来告别的原因是，第二天有一个姓蓝的即墨县人，非常喜爱香玉寄身的这株白牡丹，要把她挖走。
白牡丹被挖走后，黄生才恍然大悟，知道香玉是牡丹花精。他不是常大用和许仙，并没有因为香玉是异类而害怕和变心，而是为爱惆怅和惋惜。
得知白牡丹被移植到即墨蓝氏家后，不久就枯死了。黄生非常痛恨，写了50首哭花诗，每天都去白牡丹之前的坑穴凭吊。
痴爱牡丹的常大用也写了100多首牡丹诗，然而他对牡丹的爱是叶公好龙。黄生才是真心爱牡丹。
一天，黄生凭吊完后，看到了香玉的结拜姐姐绛雪也在凭吊。两人一起怀念香玉。
绛雪跟随黄生来到书斋，对他说：
“妾与君交，以情不以淫。若昼夜狎昵，则妾所不能矣。”
表明了她不会效仿娥皇女英和黄生卿卿我我。她来书斋，是为了安慰他的寂寞，和他一起怀念从小要好的姐妹。
在下雨天，黄生苦思香玉，写诗说：
山院黄昏雨，垂帘坐小窗。相思人不见，中夜泪双双。
绛雪在窗外和诗：
连袂人何处？孤灯照晚窗。空山人一个，对影自成双。
绛雪不像香玉那样每夜都来，而是多日来一次。黄生想和她亲热，她拒绝了，说：
“相见之欢，何必在此。”
她只和他饮酒作诗。
黄生对香玉的痴心感动了花神。于是，花神让香玉再次降生到下清宫。此时的香玉已非昔日的牡丹花神，而是花之鬼，像影子一样缥缈。黄生感到很遗憾，香玉怅然地说：
“昔妾，花之神，故凝；今妾，花之鬼，故散也。”
为了让香玉回归为花神，黄生遵照她的嘱咐，用心浇灌白牡丹原来的坑穴。一年后，香玉复活。原文这一段描写非常美：
次年四月至宫，则花一朵，含苞未放；方流连间，花摇摇欲拆；少时已开，花大如盘，俨然有小美人坐蕊中，裁三四指许；转瞬飘然欲下，则香玉也。
86版电视剧《聊斋》成功上演了这唯美的一幕。一朵白牡丹含苞待放，慢慢绽开。花朵大如玉盘，中间有一小美人坐在花蕊上，有三四指高，转瞬飘然而下，落地后就是香玉。
从此，香玉、黄生、绛雪三人又幸福地生活在一起。黄生说：
“香玉吾爱妻，绛雪吾良友也。”
他和香玉恩爱无比，和绛雪保持着纯洁的友谊，不会越礼。黄生常指着香玉寄身的白牡丹说：
“我他日寄魂于此，当生卿之左。”
他死后也要寄身在这里，陪伴在香玉左右。香玉和绛雪听了笑着说：
“君勿忘之。”
黄生并非是开玩笑。他弥留之际，对老道士说，自己会化作白牡丹花旁边的一株赤芽。死后果然化作赤芽，继续与爱妻、好友为伴。老道士用心浇灌这株赤芽。
因为赤芽不会开花，老道士死后，小道士不知道爱惜，砍掉了黄生的化身赤芽。白牡丹香玉因此憔悴而死。不久耐冬绛雪也死了。
故事的结局颇为凄婉。无论是爱情还是友情，都历经波折。香玉曾经被即墨蓝氏挖走，绛雪也差点被小道士砍掉，多亏黄生及时阻止。外界因素让黄生和一妻一友的幸福生活难以长久。这寓意美好的理想常被残酷的现实所打破。
蒲松龄惜墨如金，在《香玉》这篇小说中写的诗最多，将这个故事写得诗意唯美。
《香玉》的独特之处，在于别具一格的双美模式。
《聊斋志异》中描写双美的故事不少。《莲香》中有狐女莲香和鬼女李氏，《青梅》中有青梅和阿喜，《小谢》的女主人公是小谢和秋容两个小鬼女。这三个故事的结局是两女侍一夫。
《葛巾》（葛巾和堂妹玉版）和《连城》（连城和宾娘）等故事中虽然也写了两位美女，然而，另一位美女当属次要人物，是女主人公的陪衬。《连城》中的宾娘就是宾陪之女。
《香玉》中两位“艳丽双绝”、才华横溢的花精并没有同嫁黄生。一位是黄生的爱妻，一位是挚友。
