12月5日，松井疟疾发作，卧床不起，但他并没有中断自己的指挥。7日，松井发布《攻克南京城纲要》，上面写道：
“一、若南京守城司令或市政当局留守城中，则劝其开城以和平占领，尔后，各师团分别由经过挑选的一个步兵大队（12月9日改为三个大队）为基干，率先进城，分区对城内进行扫荡；
二、若敌之残兵仍凭借城墙负隅抵抗，则以抵达战场之所有炮兵实施炮击，以夺占城墙。尔后，各师团以一个步兵联队为基干进城扫荡……”
这套军令，让日军能以“扫荡”的名义，“铲除”所有抵抗的中国人。但一些学者认为，松井只是提供了一个基础条件，实际下发屠*命令的，可能是朝香宫鸠彦王。
正在“欢迎”日本军队的南京市民
12月8日，松井石根下令，让飞行部队在南京上空洒下劝降书，不过，国军方面早已决定保卫南京，所以没有回应松井的劝降。9日，松井下令，向南京发起全面进攻。
秦淮河岸的大屠*受难者尸体
进攻期间，松井还做了一件事：他命令火炮部队禁止攻击南京南面山区，以保护当地历史遗迹——中山陵和明孝陵。这个命令导致华中方面军伤亡惨重，但也让这两块遗址得以留存。
在日军不断猛攻之下，南京的国军守备军队很快崩溃，但国军士兵并没有投降，他们抛下军服和武器，混入南京市民中，随时偷袭着落单的日本人。
南京战役获胜后，日军生擒了大量战俘，由于忌惮国军残余（又称“便衣队”），加上《攻克南京城纲要》并没有提及处理战俘的问题，日军决定，采取“大体上不保留俘虏”的方针，即——将战俘全部处死！
