最终，尼奥在虚拟世界中与所有被同化为史密斯的程序作战，牺牲自己与敌人同归于尽，而“矩阵”也借此契机重装系统，完成了自我更新升级。
以上就是黑客帝国三部曲的大致情节。
虽然《黑客帝国4》剧组对于剧本信息保密工作可以说是滴水不漏，但依然有一些非常有价值的信息流出：首先，新作的名字我们已经知晓——《矩阵复活》（Matrix Resurrections），而且主演基努·里维斯和凯瑞-安·莫斯将回归，但墨菲斯的扮演者劳伦斯·菲什伯恩和史密斯的扮演者雨果·维文则未能回归。
另外，还会有一名黑人演员叶海亚·阿卜杜勒-迈丁（《海王》黑蝠鲼）加入。
接下来，我们就可以根据已知信息对第四部的故事内容进行一个大致的猜测。从前三部曲中，我们可以看出尼奥从不值一文的普通人到发现自己天选之子的身份，最终牺牲自己拯救人类文明的故事，就是对圣经耶稣故事的重新演绎。在圣经新约中，耶稣被钉死十字架后被门徒马太背入山中一处洞穴，以巨石堵门将其安葬。三天后耶稣复活并现身于众门徒面前，此为耶稣复活的故事。
