2001年播出的第一部中，一集两案，剧情紧凑节奏快，对于凶案现场更加真实，血腥但不恐怖，真实却不血腥。类似于李现、张若昀主演的《法医秦明》。六组的成员包括在破案一线工作多年的曾克强、季洁、江汉，以及刚跨出警校大门的白羚和黄涛。他们在局长（张潮）指示下，侦破了一起起凶*、爆炸、投毒、绑架、抢劫、截肢……案件。
第一部中，六组破案大概是这样的顺序：理清案件性质→锁定罪犯→从审问上突破。所以，第一部的犯罪过程以及侦破思路略显简单和单薄，很多时候恰好是蹲守了一阵子就发现犯罪人员的踪迹。比如豆腐坊投毒案里季洁等人蹲守了一下就恰好赶上嫌疑人妻子出发去给他带饭。
又或者嫌疑人心里过于脆弱，轻易就招供了，比如博士生坠楼案里的室友凶手在大曾把灯一开一关就心理防线崩溃，全盘招工了。相声案里小螃蟹看了两次现场录像就急着说自己*了人。
2003年，《重案六组》第二部播出。这一部以大案重案为主，讲述了刑警面对一系列高科技犯罪案全力追查，一案接一案，案情扑朔迷离的故事。第二部保持了第一部的既定风格，每集两个案件，并增添了新的人物，副组长杨震、丁箭、田蕊、常宝乐。
剧本上，更加贴近刑警和老百姓的现实生活，节奏上更加明快，整部剧集的氛围更加紧凑和刺激。在经历生死的考验后，常保乐与各办案人员的情谊更加深厚，季洁对杨震日渐生情，丁箭开始暗恋田蕊。
结局是抓捕王显民犯罪团伙失败后，杨震伤好后调到法治处，季洁调到预审科，老郑升了副支队长，田蕊走了，老六组没了。
2008年，《重案六组》第三部播出。在误解中走马上任的陶非（王超 饰）临时成为六组代理组长，已调任分局预审处工作的季洁也回到了六组，升任刑侦支队副支队长的郑一民，现身为分局法制处处长的杨震，六组新老成员再集结，团队重新收集证据，最终将这个犯罪团伙一网打尽。
相较前两部，第三部的故事结构有大变化，在一集两案的故事结构背后，有一个扑朔迷离的主案贯穿全剧。开篇就是第二部结局留下的"815大案"，牵扯出最大反派Boss王显民。
