在绝望的情况下，男主角决定带领小伙伴们进入外星飞船内部，试图寻找摧毁女王的方法。小心翼翼地进入飞船核心区域，他们以为可以得手的时候，外星飞船发出一阵超声波，使所有人类飞船失去了控制，飞船开始坠落。总统下令引爆核弹，却被外星立场控制，导致爆炸无法实施。
外星飞船发射的光波，使地球上所有卫星系统失联，总统所在的指挥部瞬间遭到摧毁。欧肯博士用激光打开了之前的飞船，从中滚出一个圆球。这个圆球突然被欧肯博士激活，原来他拦截了外星人的求救信息，发现外星人是来歼灭地球的。圆球是外星人的幸存者，他的星球也被吸走了地核，他是唯一的幸存者，拥有强大的力量。
女王为了消灭她，欧肯博士和老头计划用圆球的信号，吸引女王，同时部署兵力进行应对。与此同时，男主角还在外星飞船的内部，与没有被摧毁的小伙伴们汇合，决定去挑衅外星人，吸引他们的注意力，让小伙伴们可以抢夺外星人的飞船。
成功抢夺飞船后，他们试图驾驶飞船逃出，却在船口即将关闭时，险些被关在飞船内部，最终他们成功逃脱。外星女王带领军团飞至被引导的地点，地球上的各种武器，开始对外星军团展开了猛烈的攻击。然而地球的武器对外星飞船毫无作用，老总统驾驶伪装信号的飞船，飞进了外星飞船内部，地球启动了防护罩。
在最后一刻，老总统引爆了飞船上的核弹，外星飞船被炸得支离破碎，外星女王似乎并没有被炸死。在混乱的战场上，外星女王对老头展开了穷追不舍的追击，地球的战机为老头进行掩护，但对外星女王造成的伤害微乎其微。
最后一刻，女主决定冒险摧毁外星女王的防护罩，然而飞船也在这一刻，被外星女王的攻击击中，女主紧急跳伞逃生。同时，男主角率领小伙伴们前来营救女主。外星人入侵了51区，黑哥帅气的出现解救了局势，*了两个外星人。
外星女王率领大军朝着51区前进，男主角和小伙伴们的外星飞船，被外星女王控制。一番激烈的操作后，他们终于发现攻击女王的触须是致命的武器。几人合力将外星女王打败，最终失去女王的外星飞船离开了地球，地球再次迎来了胜利。但这场与外星人的战争给地球留下了沉痛的记忆。
