“天之痕”源自于将神州九天结界划开一道大口子的“赤贯星”，但催人泪下的剧情之下，“天之痕”又引申为“心之痕”，轩辕剑系列中最具人气的角色之一宇文拓便出自于此。游戏大肆渲染的“情”与“义”，再搭配《三个人的时光》的熟悉旋律，使之成了无数人心中最难忘的经典。
游戏画质与《轩辕剑3：云和山的彼端》不相上下，在画面上继续沿用了前作的水墨画风，精细程度令人为之惊叹。而新增的符鬼系统，也让这部作品站在了流行的前沿。
《轩辕剑4：黑龙舞兮云飞扬》
2002年8月4日，《轩辕剑4：黑龙舞兮云飞扬》在台湾地区发行，8月22日由寰宇之星在大陆地区发行。人物依然是墨家弟子，背景却切换到了秦始皇统一六国后的时期。
从这部作品开始，轩辕剑系列开始全面3D化，在画风上开始由水墨风向动漫风转型，并在此基础上别具一格地融入了秦汉风韵，但视觉上毫无违和感。而游戏系统上，最大的变化则是以“天书系统”取代了“炼妖系统”，玩家可以自行建设厂房、研发武器防具等，颇有点策略经营的味道。
《轩辕剑外传：苍之涛》
2004年2月6日，《轩辕剑外传苍之涛》于台湾地区发行，2月24日在大陆地区发行。“苍之涛”取意于“历史苍莽的波涛”，意在表达人相对于滚滚历史长河之时的渺小。游戏背景设定在春秋时期，并延续到一千年后的淝水之战。
本作延续并改良了前作引擎，以更纯熟的3D技术，更完美地呈现了古代中国的世界风貌。在系统上则新增了木甲系统，玩家不仅可以使用木甲兽来协助作战，还可以制造木甲原件来施展绝招。
不同于之前的《天之痕》，《苍之涛》中的感情戏着重体现在配角们身上，再加上剧情中平行交错的概念和厚重的历史感，让玩家对剧情的来龙去脉缺乏清晰度的认知，即便游戏好评如潮，但也让DOMO小组开始思考历史题材的利弊和必要性。
《轩辕剑5：一剑凌云山海情》
2006年8月4日，《轩辕剑5：一剑凌云山海情》在台湾地区发行，并于10月20日在中国大陆地区发行。
与《轩辕剑外传 汉之云》和《轩辕剑外传 云之遥》并称为“轩辕剑伍系列三部曲”。
或许是受到《苍之涛》关于历史题材的启示，又恰逢DOMO小组成员的更新换代，从《轩辕剑5：一剑凌云山海情》开始，剧情中历史的厚重意味开始有了明显削弱，另辟蹊径将中国神话古籍《山海经》作为新的故事背景，引入了大量的奇幻要素，向玩家展示了十多个风格迥异的山海界国家。
