但令人意想不到的是，脱离了真实历史背景，这种变化却引起了部分老玩家的不适。在他们看来，剧情和人物塑造过于主观化，系统革新不足，都成了这部作品的“黑历史”。
《轩辕剑5外传：汉之云》
2007年12月19日，《轩辕剑5外传：汉之云》繁体中文版发行，2009年1月10日，简体中文版发行。
鉴于《轩辕剑5：一剑凌云山海情》的失败，《汉之云》回归轩辕剑正统之作，重新回归真实历史架构，重新加入了之前取消的炼妖壶系统，并新增令人称赞的气象系统。
游戏背景设定在玩家熟悉的三国时期，但整体基调上与此前的《天之痕》《苍之涛》有很大不同，少了些儿女情长和爱恨情仇，却多了家天下的荡气回肠与满满情怀。
《轩辕剑5外传：云之遥》
2010年1月12日，《轩辕剑5外传：云之遥》繁体中文版发行，2011年1月1日，简体中文版发行。该作为三部曲的最后一部，但在时间序列上却是系列之首。为防止盗版，游戏采用了全程联网认证系统，首次加入真人演出歌曲，并以资料片的形式补完剧情。
本作的故事以主角徐暮云的成长为线索而展开，“云之遥”源自于故事的发展中，徐暮云的挚友张诰与挚爱兰茵相继死去，孑然一人的徐暮云感觉到，在遥遥云之彼端，他们似乎还在守护着自己。另外在故事中，徐暮云常在梦中见到一位来自远方，似乎是他的母亲之青衣女子，由此也引出了之后《轩辕剑伍：一剑凌云山海情》的故事。
《云之遥》使用了与《轩辕剑5》一样的引擎，但在不断的优化和改进下，游戏画面表现不俗，精细程度有了很大提升，但与同时期国外主流游戏相比，仍存在较大差距。
《轩辕剑陆：凤凌长空千载云》
2013年8月9日，《轩辕剑陆：凤凌长空千载云》实现了台湾与大陆地区的首次同步发售，并取消了全程联网的模式，回归单机传统。游戏背景设定在商周时代。
画面表现上，使用Unity3D引擎制作的《轩辕剑6》在已发售的全系列中无疑是达到了巅峰。画面风格也全面回归了经典的水墨风，特效全开的设置下，人物建模、山水场景建模的精良程度都有了质的飞跃。
游戏整体和前作没有太大差异性，但炼妖壶的功能是最多最全的一代，游戏可玩性更高。
《轩辕剑柒》
2017年9月5日，由“轩辕剑之父”蔡明宏领衔、DOMO小组制作的轩辕剑系列第十三部作品《轩辕剑柒》单机版正式立项。对于大宇而言，这可能是一个可以让轩辕剑这个经典IP重新焕发生命力的契机。
《轩辕剑柒》将采用全新的战斗方式及多元游戏系统。玩家可以依照自己的喜好在融合历史与神话的游戏世界中自由探索。既可随角色体验主线剧情，也可四处闯荡以轻松舒适的方式悠游西汉的中原大地。
