大致内容：一个女人来到小五郎处，请其帮助看守宝石。这女人名叫牧树里，是代表着日本的女演员。她收到预告称有人将会去夺取她所拥有的宝石“命运的宝石”，而预告者正是怪盗基德。小五郎断言：基德将会在树里担任主角的传统话剧的公演最后一天前来盗宝。于是第二天，柯南，小五郎，小兰还有少年侦探团一起前往传统话剧公演的东京汐留。柯南对小五郎的推理充满疑问，于是自己推理基德的出现。然而，在那里出现的竟是工藤新一！
那个男人再次出现在柯南的面前？柯南能守住宝石吗！？……然后？
当然，那个新一绝不是真的。但是，要证明那个新一是假的的话，就需要柯南表明自己的身份。基德似乎明白这一点，很大胆的想和小兰在一起。这时，在树里任主角的舞台上上演了《约瑟夫王妃》的一幕。被柯南看出真实身份的基德，如何盗走这蓝色的宝石呢！？然后，对柯南他们更大的考验是？
小看点
1.柯南与基德在剧院天台上的大对决！绝对的精彩！！！
2.柯南利用博士发明的“降落伞”与基德在城市夜空中追赶
3.新一在柯南面前出现？到底是谁冒充呢？这不用猜都会知道吧？呵呵...(俩魔术师是不同的，一个是帮人，这个是...盗窃或是...）
4.小五郎与英理的斗气进行曲～唉
5.当小五郎知道自己刚吃进肚子里的巧克力就是与死者所吃的、且在同一个盒子里的时候，那变来变去的脸色......超爆笑！！
6.柯南在以妃英理配音是曾弄成圆子的，还说过“你少装蒜，老公！”园子和小五郎是夫妻？笑……
7.飞机失事的原因是凶手所致，但是弄得飞机没油的罪人就是基德口中的“死胖子”（呵呵～一向“神秘”的基德大人居然这样称呼别人～～但这也难怪，毕竟是危及生命的时候啊！）
8.基德与柯南一同开飞机！想不到还会开飞机，这两人还真是博学多才～
9.假扮的“基德”被中森的警车队追得上气不接下气......也很好笑
10.飞机因为被强风影响而撞向指挥中心，那爆炸的场面真叫人紧张啊！
11.警车的红蓝灯在夜空中闪啊闪...
12.兰在控制飞机时由于“压力”，曾一度落魄，新一在何方？
13.柯南为了鼓励兰振作，便用新一的声音打电话给兰，而在此时，兰终于向新一表白
14.原来基德利用警车的警灯制造飞机跑道（当警车队的两端同时往正在钓鱼的爷孙开时，那紧刹车的场面......汗)
15.飞机逼降时把在陆地上的刑警吓得的样子
16.惊心动魄的迫降场面！虽然知道最后会平安无事,但也好紧张（《名侦探柯南》最主要的角色都在这飞机上啊！）
17.因为小兰通过电话告诉新一（柯南）自己与基德之间有一个秘密，柯南拼命吃醋（大醋缸，小兰不是刚刚向你表白么，汗~~）。
第九：水平线上的阴谋
大致内容：浓雾中夜航的货船·第一八代号，与前方突然发现的巨大冰山相撞轮机舱严重受损，第一八代号沉没。虽然大部分船员顺利避难，但是船长和一名船员牺牲了。
大财团·八代集团下属的八代造船公司的设计师八代英人，在开车中途突发心脏病，
坠落悬崖。车辆起火，八代英人身亡。
航行在太平洋上的豪华客船阿芙罗狄号。受到兰的挚友园子的邀请，柯南，兰，小五郎一行人参加了此次处女航。参加此次宴会的多是政治金融界、社交界的名流。用美神阿芙罗狄的名字命名此次豪华之旅，实在是太恰当不过了。
但是嫌疑犯却在船上暗中活动，园子遭袭后，被囚禁了起来。通过柯南的准确推理，园子被平安无事的解救出来，这次终于发生了*人事件。被害人是八代客船公司的社长八代贵江。她是半月前，在西多摩市事故中死去的八代英人的妻子。之后，八代集团董事长贵江的父亲八代延太郎在船上突然失踪了。
目暮警长率众警官火速乘直升机赶往阿芙罗狄号。海上保安厅也参与其中，立刻展开调查。另一方面，警视厅也对西多摩市的事故进行了再次的调查取证。
在海陆之间展开一张硕大的搜查网的同时，柯南也继续深入着自己的推理。嫌疑犯就潜伏在该船600名船员与乘客之中。严峻的挑战，犯人巧妙利用了时间差。怪异的是就连小五郎，也离开了警察与柯南，展开了独自调查。是又一次的胡言乱语？抑或是侦探直觉的觉醒？
人心慌慌的船内，作为主要活动的欢迎舞会开始了，小五郎和柯南在会场内展开了推理对决。就在真相即将大白于天下之时，突然，船的轮机舱发生大爆炸。犯人引爆了阿芙罗狄号关键部位的炸弹。倾斜的船内，船员、乘客陷入了前所未有的巨大恐慌之中。600条人命落入犯人的魔爪。
无处可逃的海上，极度混乱中，
这次兰深陷重围。
第十：侦探们的镇魂歌
大致内容：故事分为三层
第一层：一个富翁为了对付侦探，搜罗本国内的顶级侦探，当然包括毛利小五郎，带着柯南他们去了一个游乐园。大家都是很开心的玩儿啊玩儿啊。。但是不知道，他们在进入游乐园的时候被戴上了一个腕带，这个腕带上有ID，表面上是进入游乐园的VIP招待ID身份验证，其实是爆炸系统。
第二层：柯南和毛利小五郎接受了挑战，探寻案件真相。小兰他们还并不知道自己其实已经深陷困境和危险。柯南通过各种调查大胆大细心终于知道了案件的真相。可是就在千钧一发的时候，被不明敌人在大桥上击落，掉到海里，而且当时柯南正在为了规避烦人踩着滑板驰骋啊驰骋，摔晕了。。。
第三层：小五郎仅仅知道了表面的真相，于是在柯南昏迷的时候去了犯人的隐身处，解释案件。但是不想，确是错误的答案。幸好柯南及时赶到，，用自己的推理解释了真正的真相。然后开始解除ID。。。千钧一发啊一发啊。。。
就在最后关头的零点几秒，解开了ID阻止了爆炸。。。
可是大家都没有发现，有一个ID忘了回收，大家最后在坐过山车的时候，小哀发现了一个ID腕带Z在过山车的座位上。。。柯南奋力拿到了ID，扔到空中。。。爆炸了，释放出耀眼的烟火。
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