隐藏最深的层级，即原来的影子政府，被称为“辛迪加”，这部分人员与外星人进行了深入的直接沟通，了解的信息最广、最深。第二个层级就是在几个大国的主导下，组建了秘密的国际外星人监管和处理组织。第三个层级是各国自己的小算盘，在国际外星人机构之外，各国都希望自己能在外星人身上捞到更多的科技和筹码，所以各国也都不约而同的组建了对外星人的研究组织，主要以获取科技为目的。为了方便后面的介绍，我们分别把这三个层级称为辛迪加、外星局和研究所。
这三个层级只是明面上的组织架构，虽然都是秘密组织，但很明显，真正掌握全局的只有辛迪加，外星局和研究所只不过是辛迪加的执行手脚而已。需要指出的是，辛迪加的人员并不完全隐藏幕后，他们深植于各国政府高层、外星局、研究所之中，是有关外星人问题的绝对话语权掌控者，所以才能轻易的将外星局和研究所当成自己的执行者和资源，任意使用摆布，而后两者全然不知。
那辛迪加掌握的到底是怎样的底牌呢？大家且听我慢慢说。
辛迪加在最初的和外星人接触中得到的是一个近乎绝望的局面。辛迪加与外星人接触和得知所有真像的过程在剧中并没有详细描述，但通过蛛丝马迹我们可以这样推测。
外星人在最初的接触中，告知辛迪加的是，我们是外星的智慧生命，我们来到地球的目的是殖民，将地球变成我们的殖民地。我们只是先头部队，后续的大规模舰队将在若干年后到达。我们这些先头部队想对地球和人类做多一点了解，为后续的殖民打基础，但人类的灭亡是不可避免的，如果你们愿意配合我们，我们至少能保证辛迪加成员在殖民舰队到达后还能生存下去。
剧情是不是和若干年后的三体神似？但是老谋深算的辛迪加也并没有被就此唬住，毕竟统治地球这么多年，你说两句我就全信是不可能的。辛迪加也确实很快就发现了事情有蹊跷之处，通过对手上获得的灰色外星人样本进行研究，以及黑油人的逐渐现形，辛迪加有了一个重大发现。原来他们面对的灰色外星人，并不是真正的灰色外星人，而是被黑油寄生控制的傀儡。同时他们也大概知晓了大量黑油已经在远古时代通过陨石到达并埋藏在地球深处，其中少量黑油已经寄生在人类身上，在人类世界活动多年。至此我们把这类被黑油控制的灰色外星人称为黑油灰。
可能是在某次接触中直接摊牌，又或者是逐渐抖包袱，辛迪加和黑油灰的谈判进入了下一个阶段，彻底摊牌后，大家重新拿出筹码认真谈判。
谈判的结果当然也只能通过剧情推测大体是这样：
1.黑油灰默认了自己的种族是寄生型外星人，灰色外星人只是他们的宿主，是他们征服的另一个外星种族的肉体外壳而已；
2.殖民舰队是真实存在的，若干年后将到达地球，毁灭人类，占领地球，这一点不可逆；
3.消灭人类的方式是待大部队到达时，释放地底存放的大量黑油，寄生所有人类，就像他们对灰外星人做的一样；
4.黑油灰不希望大部队到达时遇到激烈的抵抗，辛迪加要配合他们控制地球各国政府，并协助他们展开对地球人的研究；
5.给予辛迪加成员及家人生命安全的保障，方式是协助辛迪加开发黑油疫苗，当然剧中也明确了此种疫苗仅对特定基因型的人类有效，当然就是辛迪加的成员和家人的基因型。
6.为了确保辛迪加乖乖合作，不动歪脑筋，辛迪加成员提供自己的家人作为人质，交由黑油灰管制，并进行一些不太威胁生命的研究。
以上就是剧中辛迪加和黑油灰合作的大体内容。其实辛迪加此时的抉择在一定程度上无可厚非，因为他们面临的本来就是一个绝望的局面。即使交由各位观众去抉择，也不见得能有更好的方案，毕竟科技差距摆在那里，手上没有筹码，只能任人宰割。
从协议达成开始，最初的执行还是相对顺利的，辛迪加提交了人质，并对各国政府进行控制；外星局在辛迪加的控制下象征性的管理所有外星人事件；各国的研究所开开心心的搞研究，还取得了一些科技突破。一切都在按照黑油灰和辛迪加的剧本悄无声息的进行着。
但是一切都没有那么简单，有人的地方就有变数，随着协议执行的逐渐深入和规模逐渐扩大，出现了一些变化：
1.世上没有不透风的墙，这些秘密进行的行动，透过各种方式，露出各种蛛丝马迹，并引起蒙在鼓里的普通人类、执法机构、科研机构的注意，辛迪加对这些细微的泄露进行了掩盖和压制，但各种传闻不可避免的在坊间、地下流传；
2.首先展开协议外行动的就是辛迪加，苦于手上没有筹码的辛迪加组织了秘密反抗计划，毕竟辛迪加作为影子政府，统治地球数千年，第一次如此屈辱的“被人拿枪指着签下协议”，毫无还手之力。辛迪加在虽然在地球这个小圈子里算不上什么正派势力，但是毕竟他们代表着全人类。对手换成外星人，那他们就无疑是地球精英和对抗外星人的前线势力了。
辛迪加的秘密反抗计划大体分成了两个部分，第一个部分是所谓的人类强化计划，通过将灰色外星人的基因与人类基因进行融合期望对人类的体制和能力进行增强，以备未来对抗黑油灰入侵时更有筹码，这个部分是隐藏在外星人对地球人的研究计划之下秘密进行的，被称为纯种控制；第二个部分更为聪明，辛迪加向黑油灰提出，在殖民舰队到达时可以协助消灭地球人，并且有更好的方法，使用基因改造后的蜜蜂，携带致死病毒，大规模的灭绝人类，黑油灰对这个计划明显表示支持。辛迪加明面下的计划是利用这个计划，准备好枪（基因改造蜜蜂）和弹（空病毒），等到黑油灰将基因特异的疫苗给予辛迪加的时候，改造疫苗，并搭载在病毒上，向全人类传播，使全人类都能免疫黑油的寄生。是不是用心良苦。
3. 没有被黑油感染的灰色外星人也来到了地球，我们姑且称之为纯种灰。纯种灰来到地球的目的相当的单纯，似乎只有全面消灭黑油这一条。而且纯种灰表现出来的是一种近乎偏执的复仇愤怒和简单粗暴。纯种灰在地球的行动基本就是清除黑油、*黑油灰、*黑油人、*所有和黑油合作的人、破坏所有和黑油合作的研究与计划。剧中隐约描述了辛迪加与纯种灰也有过正面的接触，辛迪加试图与纯种灰合作对抗黑油。但结果是两者的目的和行事风格差异太大，谈判很有可能是无疾而终甚至可能是不欢而散。其实也不难理解，纯种灰已经几乎被黑油灭族，他们唯一的目的就是向黑油复仇，而所有协助黑油的势力都是敌人，更何况人类也能成为黑油的宿主，在纯种灰看来。辛迪加是狗腿子、没节操的黑油帮凶，而全人类就像一辆辆暂时没有驾驶员的飞机坦克，是潜在的战争军火，一旦殖民舰队到达，全人类都是纯种灰的敌人。不合作也是可以理解的。
