飞鹏堡
现在孟星魂的处境非常险恶，行踪已经完全暴露的孟星魂只好偷偷潜入飞鹰堡，探查范璇的下落。从官兵口中听得神秘女子冷燕也被抓来关在飞鹏堡中。孟星魂*死了镇守飞鹏堡的肖安。肖安临死前却说孟星魂被人利用了而不自知，这句话令孟星魂十分疑惑。孟星魂在一间屋子里发现了冷燕，解开冷燕的绳子，一言不发的离去。
又是耍小伎俩的时刻，直接跳过前方的大乱斗跳到范璇的府邸，用飞镖疯狂的输出，然后再将它斩*就行。
皇天城
萧银鹏（肖安）之死，气坏了范璇，范璇已得知孟星魂是来*他的，命令屠大鹏严守皇天城同时活捉星，誓要问出究竟主使者是谁。孟星魂在皇天城大战一场，最后冲到范璇的老巢，与之大战。孟星魂打倒屠城，回头却发现范璇已死，正在奇怪的时候，屠城突然从地上爬了一起，并用带毒的暗器打伤了孟星魂，接着按动机关，孟星魂边掉入决死阵中......
难度非常高的一关，不停吃包子补血吧！
决死阵
决死阵中，孟星魂身中奇毒，却在阵中看到了神秘女子冷燕，冷燕也身中奇毒。这时屠城扔下一瓶解药，意在诱使两人互相残*。孟星魂不忍下手，最终吧唯一的解药给了冷燕。冷燕看着孟星魂，她不敢相信？还是...最后接着她把解药丢给了孟星魂，自己纵身跳下了深渊......孟星魂看着燕失去的身影也毫不犹豫的跟着跳了下去......
最为虐心的一关，也是最能体现流星蝴蝶剑剧情魅力的一关，如果按照我们曾经看到的武侠片老套路，两人势必会互相厮磨一番，但是在这一段冷燕毫无疑问的向孟星魂出刀，真正的*手理应如此！儿女情长应该有，但是更多的则应该是冷血无情，这一关你需要做到的是保证冷燕和自己的安全，时间一到就可过关。
炼铁狱
孟星魂纵身跳入身井之中，虽是要寻找出口，但心中确是为要寻找那女子的下落，在避过这些凶险的环境之后，看见那位女子伤重倒卧在地，正要前去解救时，屠大鹏却从中*出。屠城对孟星魂来历了如指掌，令孟星魂不解。孟星魂*掉屠城以后，把冷燕抱到一个山顶的亭子里，并将解药给了她，接着便转身离去了，也许他知道一个*手是不能有感情的，冷燕回想着当初与星的点点滴滴，毅然的将唯一的解药抛下悬崖......
游戏中明显的剧情就是这些，结合原作的风格，我个人是这样分析的。真正要刺*范璇的人就是屠城，也就是屠城派人找高老大刺*范璇的。而屠城的目的也并不是真的让孟星魂*掉范璇，他只需要孟星魂制造混乱，再亲自除去孟星魂，而使范璇对屠城完全信任。金华城中的夜猫子就是屠城的手下，也就式他透露孟星魂戴的式假信物的消息。肖安深知这个计策，因此才说孟星魂被人利用。*手冷燕也是要*范璇的，来历不明（整个游戏中就是一个神秘角色）。在皇天城中范璇是被屠城*掉嫁祸孟星魂的。最后的结局没有给出，有的说法是孟星魂和冷燕都毒发不治……不过，这个就看你怎么理解了。
说了这么多，其实在当时我们去玩得时候，更多的注意力都放在了多人对战的刀光剑影当中，然而真正的《流星蝴蝶剑》其实内核剧情上并不弱，只是因为动作戏非常精彩所以给掩盖了很多，《流星蝴蝶剑》的美丽是短暂的，它赶上盗版横行的那个年代，而事到如今即使是小编这样的伸手党都开始注重版权喜欢购买正版的时候，连想去给《流星蝴蝶剑》补票都做不到了！真是令人唏嘘不已！
