要实现人类补完，必须完成补完的仪式，要完成补完仪式，必须找到生命之树，要找到生命之树，就必须首先打败神安排的守护者，也就是使徒。最终seele组织就是利用碇源堂所领导nerv打败了所有的使徒，然后自己制造了量产机，用at力场的共鸣启动了最后的仪式。这就是seele一直在做的事情。
接下来，是碇源堂。
尽管只有一个“人类补完计划”，但是碇源堂和Seele却同床异梦。碇源堂在自己的老婆碇唯没死之前，他的野心已经在动画中昭然若揭，想要得到亚当与莉莉丝之后自己成为神。原本他跟碇唯只是逢场作戏，但没想到自己对碇唯的爱却变得越来越真实和强烈，这种情感在妻子死的那一刻达到了顶点。所以他的计划，也发生了一些改变，他下定决心要再次见到碇唯，但是首先必须要成为神。
最后，是碇唯的计划，虽然碇唯与seele颇有渊源，但在碇唯心目中，她是不赞成SEELE的计划的，她认为这种“妄图控制神”的行为是在打开“潘多拉的魔盒”。
她加入研究工作是为了防止第三次冲击的发生，及研究如何用好EVA的技术，让人类得到永生，永远在宇宙中生存，留下人类在宇宙中活过的证明。
然而，在工作中，有一个问题，就是EVA的同步问题，究竟如何才可以好好地操控EVA呢？
答案，就是让一个人的灵魂寄宿在EVA的核心当中，再让驾驶员塔上EVA，让两个灵魂进行同步。而要使两个灵魂能够实现最佳的同步，两个灵魂之间存在至亲的关系无疑是最为合适的选择，因此最佳方案就是用灵魂的子女作为驾驶员。所以我们发现男主角的同班同学们，其实都是eva的驾驶员候选人，而这些候选人基本上母亲都已经去世。这不是巧合，而是他们的母亲全都为了eva的实验献出了生命。
最典型的就是二号机的驾驶员——明日香，二号机的灵魂，就是她母亲的部分灵魂。
