本作在故事上分为鋼賀篇和八魔天篇,也分别对应着两种结局。比较有意思的是,在通关后,会出现不可思议迷宫基础之上的“更不可思议的迷宫”,在这里,1~3层,98~99层全部由洗牌构成迷宫。在 DC 版中这是游戏中最后的迷宫,而在 Windows 版中打完这之后还有更难的迷宫。游戏处于叫好不叫座的状态,销量只有5万份,但口碑很好。
宝可梦不可思议的迷宫 赤之救助队/青之救助队(2005 GBA/NDS)2005年,《不可思议的迷宫》系列迎来了与新 IP 进行合作的机会,在 GBA 和 NDS 两台掌机上分别推出了《宝可梦 不可思议的迷宫 赤之救助队》、《宝可梦 不可思议的迷宫 青之救助队》。本作依然由 ChunSoft 进行开发,发行商是任天堂。2020年3月6日推出的《宝可梦 不可思议的迷宫救助队DX》是以《青之救助队》为蓝本推出的重制版。
本作有两个联动动漫作品,分别是短篇漫画《宝可梦 不可思议的迷宫 金次的救助队》和《宝可梦 不可思议的迷宫 进取队出动》。