2010年，江潭市的上空云向阴沉，似是受到吸引般汇成一团，继而笼罩在通往市郊的地铁三号线，直至站外走来一名中年男子，即便他衣衫破褛，喝完罐装啤酒后随地丢置，但因周围熙攘，无人投去质疑目光。
男子拖着巨大笨重的行李箱，浑身散发出浓烈的酒气与汗臭，一路上头也不抬地往前走，临过安检时，这才放慢脚步，开始左右张望，似乎想要挤进人群中蒙混过关。幸好安检员眼明手快，及时将他拦下，尤其看到男子神色慌张，脖间抓痕明显，以及凶狠又迟疑的眼神，内心不由响起警铃，本能地握紧对讲机。
俩人对视不到几秒后，男子瞬间推开安检员，拔腿狂奔，眼见前方无路，两面均被包抄，于是当场拿出炸弹遥控，迫使保安紧急疏散所有群众，并将道路封锁。
十分钟后，七八辆警车火速赶到，几十个防暴警察手持盾牌，迅速组成弯月形战队围住出口。眼见男子情绪逐渐失控，市局刑警队长任玥婷立马过去与他周旋，趁其不备，一招制服对方。
随着行李箱转移到空旷地点，排爆手开始对此进行探测，并在几十双眼睛的注视下，紧张地走向行李箱前，缓缓拉开锁链，结果映入眼帘的并非炸弹，而是一具尸体，一具瘦弱且干净的男性尸体，他在生前曾是平康县最年轻优秀的检察官，却在死后被外界称为“死者江阳”，并且留下那段坐牢两年的黑暗经历。
男子名叫张超，他是江阳的老师，也是江潭市知名刑辩律师，且不说先前履历多么辉煌，就以三十四岁成为政法学院副院长的身份，足够令人瞠目结舌。可惜张超拥有大好前途，偏要爱上女学生李静，甚至为她放弃一切，净身出户，直到三十六岁白手起家，独自创办江东律师事务所，十年里接手过上千起案件，几乎从未失手。
谁也没想到，正是这么一位名震市政法界的传奇人物，竟然会用极其卑劣的手段*人抛尸，面对警方审讯选择态度配合，供认不讳，如实交代他与江阳因为债务纠纷发生争执，以及作案经过，包括后期为何会选乘坐地铁前往郊区毁尸灭迹。
与此同时，理科状元无故失联，后被凶手*害埋在江边，结果近来几日连降大雨，恰好凶手遭遇车祸身亡，根本无法准确找出埋藏位置。破案高手严良以奇特手法协助警方，果然就在当天夜里发现尸体。
根据张超亲口供述与现场指认，再加上法医后期鉴定，因此坐实江阳是被电线勒住，造成机械性窒息死亡。然而破获过程太过顺利，证据链完整，导致此次案件显得格外诡异，媒体们不去计较真假，只在这场案件上进行跟踪报道，短短几个小时里赚足舆论焦点，等待大众新鲜感殆尽，再作其他文章。
任玥婷心中尚有疑虑，主动去见张超询问真相，因为她了解到张超在上千起刑事案件中，唯独失手在江阳的无罪辩护上，尤其事后没有继续上诉，导致江阳入狱，丢掉工作。奈何张超没有正面回应，他选择避之不谈，用沉默掩盖真相，却无法掩盖对于江阳死讯的悲痛。
法院公告开庭日期后，3.12地铁抛尸案再度发酵，各大媒体记者纷纷申请旁听，其中包括《江潭晚报》法制栏目的女记者张晓倩。庭审现场，张超突然翻供，拒不承认谋*指控，随即拿出完美的不在场证明，使得原本清晰明了的案件顷刻变得扑朔迷离，只听旁听席处传来一片唏嘘。
此事影响极大，眼下已向难以收场的地步发展，省公安厅依照疑罪从无原则，要求市局在二十四天内重新查办。局长赵伟民紧急成立3.12专案组，严良临危受命，专门对张超进行提审。
由于严良为人正直，办案风格独特，所以曾在东北破获震惊全国的雪人*人案，纵然立下大功，却也痛失儿子，妻离家破。张超对他极其欣赏与尊重，亦是看到希望，期待他能在第二十四天找出真相。
《沉默的真相》第2集剧情介绍案发当天，张超人在异地，口供却与案情极其吻合，尤其他先承认*人紧接推翻，严良找不出其中关联动机，其他人也都毫无头绪。正当专案组陷入迷茫状态之际，张晓倩忽然收到一封匿名信件，里面放有一张局部照片和几十字内容，落款“HGP”。
通过内容了解，寄信人打算发动九宫格游戏，从即刻起每隔三天邮寄一张照片，连续二十四天凑足九张照片公开*害江阳的凶手，并且要求《江潭晚报》务必将照片刊登头版，否则便会引爆安装在城市某处的炸弹。
主编陈明生得知此事后惊喜交加，立马吩咐张晓倩让采编室准备短讯，顺带向江谭市局汇报交接。由于张晓倩先前撰写过关于卧底刑警刘明洋的报道，继而引发热议，导致她名气大涨，极具号召力。
或许刊登照片将会引起社会恐慌，但是严良敏锐发现寄信人同样提及二十四天，这与张超所言不谋而合。专案组经过详细讨论后，决定将计就计，采用限量发售、定点投放报纸的方式，引蛇出洞。
虽然张超否认九宫格照片跟他有关，但是暴露一个重要细节，他作为高度近视眼患者，从未坐过地铁三号线，却在抛尸当天不带眼镜，准确找到南门出口，除非事先早已踩点。
属下开车载着严良来到案发现场复查，抵达时已近半夜，房子面积不大，客厅连接阳台，经由月光照射，站在门口便将全貌打量清楚。俩人勘验尸体所在位置，没想到一名女子竟从窗帘后面出来，此人正是李静，伴随灯光亮起，逐渐露出姣好面容。
李静不仅漂亮还有气质，面对严良盘问毫无畏惧，反而大方回答相关问题，包括她对江阳的不堪印象。即便江阳曾是张超得意门生，可他本人声名狼藉，不但在检察官期间收受贿赂，还向张超借走三十万Du博，并且和别人保持不正当男女关系，致使前妻选择离婚。
专案组取回物证鉴定科的结果，再结合刑警老刘在江潭晚报所采集的信息，因此确定照片只有张晓倩和陈明生的指纹，而信封上的指纹则是收发室老周，以及邮局工作人员。指纹没能提供有用线索，寄信人也具有反侦察能力，专案组唯有对比照片背景，确定背景出自平康县的峰山路。
严良和刘明洋既同事亦同学，俩人关系甚好，可惜在那次任务中，严良因阑尾炎手术无法参加，最终换成刘明洋，从而造成他的意外，如今只能待在精神病院。张晓倩对刘明洋十分了解，同样也跟踪采访过江阳，两个人拥有相同的悲剧性，只不过刘明洋成为英雄，被众人尊敬，而江阳在期满释放后靠着维修手机度日，直到遇害。
调查毫无进展，严良打算从江阳处入手，他在遗物里发现侯贵平的身份证复印件，敏锐察觉侯贵平的拼音首位字母与匿名信落款相同。任玥婷看到江阳在检察官手册里留下的名字，立马调取侯贵平档案，果然地址正是平康县，只不过人早在2000年就已去世。
张晓倩建议严良去找吴爱可了解情况，她是江阳前女友，也是影响改变江阳一生的人。严良和任玥婷根据地址来到吴爱可家中，此时吴爱可已为人妇，但她提及江阳时，仍是带着满满爱意。
七年前的江阳，正值意气风发，在外人眼中看来，他是足够出色且令人骄傲，不仅以优异成绩考上研究生，进入检察院，甚至被单位列为重点培养对象，直接提拔为侦查监督科科长。当时吴爱可的父亲任市检察院副检察长，非常支持女儿跟江阳交往，两个人恩爱甜蜜，甚至进展到谈婚论嫁，奈何因为李静的出现，彻底打破这份安稳生活。
李静与江阳是同学，因相貌出众成为班花，纵然追求者数不胜数，可她唯独爱上穷小子侯贵平。然而侯贵平支教时突然死亡，学校对外宣称他外出游泳时溺河所致，但是警方的结案材料里却写着侯贵平强J妇女，因为拒绝逮捕逃跑，意外坠河。
江阳信任侯贵平人品，李静也在两年内找到很多可疑线索，其中包括侯贵平支教班级的一名女孩喝农药自*，死前曾遭性侵，后来侯贵平为她屡次向上级领导举报调查申请，结果全都石沉大海。
李静认为侯贵平死于谋*，所以想让江阳帮忙翻案，找出真相。江阳从事检察官工作已有时日，早就见惯许多疑难悬案，更知道实际办案的困难导致最后妥协。妥协，是一个人成熟的标志，可惜吴爱可并未深思熟虑，她对这起案件抱打不平，要求江阳坚持正义，彻查到底。正是因为当初的年轻冲动，吴爱可便把江阳推向一条孤独的路，并且越行越远。
《沉默的真相》第3集剧情介绍法医老马对于江阳死因仍怀迟疑态度，尤其凶案现场留下的电视信号线，一道不起眼的划痕令他百思不得其解。由于侯贵平卷宗缺少尸检报告，严良吩咐顾一鸣前往档案室调取，起初顾一鸣碍于他抢走自己风头，极不情愿，但看在任玥婷面子上，只能应下此事。
汽车驶过繁华街道，停在平康县公安局门前，相比七年前的简朴，这里并非毫无改变，至少警员态度不再强硬，档案室可以直接闯入，而不像当初江阳辛苦赶来，等候许久，最终吃个闭门羹。
江阳要求调取案卷，重新复查，刑警队长李建国以销案封存为由，拒绝交出侯贵平的案卷材料。江阳屡次碰壁，又在手下面前丢脸，不禁大为恼火，当他听闻平康公安局所有尸检报告均出自法医陈明章之手，于是亲自来到技侦中心法医室。
陈明章与江阳初次见面，因他带着眼镜，长相斯文，让旁人以为极好说话。结果陈明章不像法医，更像商人，他十分世故及狡猾，得知江阳与侯贵平属于同学，便以一千元的高价把报告卖给江阳。虽然陈明章的要钱行为让江阳跌破眼睛，可是想到侯贵平案件的重大隐情，处于职业遵守与良知，最终江阳跟陈明章约在餐厅见面，一手交钱一手交资料。
当天晚上，吴爱可陪同江阳坐在餐厅包厢里，陈明章缓缓而来，反客为主地点好菜单，随之拿出侯贵平尸检报告，甚至爆料有人篡改结论造成侯贵平溺死假象，而有如此实权之人绝对身居高位。
陈明章的话令江阳动摇，他知道此事将会牵涉很多，作为一名年轻检察官，没有庞大关系网，想要与其周旋等同自寻死路。江阳不断向报告档案投去目光，仿佛最后一根稻草就在里面，如若为前途妥协，恐怕以后便永远无法打开，侯贵平的死成为秘密，成为遗憾，成为河底的沉默，不见天日。
顾一鸣从档案室里出来，毫无所获，其后又去一趟检察院，因此确定江阳生前曾为他立案调查，只可惜到头来没有任何结果，就连尸检报告也都无故消失。
江阳在尸检报告上看到李建国的名字，故而猜测平潭县公安局有意隐瞒实情，于是去找侯贵平家属了解情况，并让他们在申述书上签字。侯贵平舅舅想要翻案，主动讲起外甥的故事，无论从他学习到人品都是无可挑剔，谁也未曾料到竟会发生这般变故，并且自从侯贵平去世后，侯父当场昏倒，连续几天不吃不喝，侯母也因大受刺激，继而疯癫，整日到处游荡。
签字授权到手以后，江阳马上以监督侦查科名义，要求公安复查。怎料立案决定书送达公安局，李建国却亲自将文书送回来，表示尸体火化现场破坏，两年前案子已有定论，勒令他赶紧撤销调查。
面对如此态度，江阳直接去找吴检说明原委。作为吴爱可的父亲，吴检本身格外器重江阳，尤其听完事情经过，不禁有些动容，索性打电话给江阳所在检察院，提议让丁检开会研究，重新商榷。
张晓倩收到第二封信件，照片背景出自丽景酒店。警方根据邮局方提供信息，发现匿名信投递在西城区东罗小巷的邮筒内，皆与上次相似，奈何西城区小巷老旧不堪，早已列入老城改造拆迁范围之内，所以根本没有安装监控。
任玥婷与顾一鸣只能守在附近盯梢，结果接连数日毫无动静，正当大家耐心几乎耗光，没想到嫌疑目标突然出现，独自徘徊在邮筒旁边。此人衣衫破烂，行动有些迟缓，到头来仅仅捡走地上的易拉罐，并无其他行为。
严良在张晓倩的回忆里获悉江阳遇害前似乎已有预感，每句话都透露出绝望和诀别。当时张晓倩稍有困惑，但是没有深究，可在如今想来，却是与他的最后一面。专案组无功而返，严良却认为捡拾破烂的流浪汉极其可疑。
