电影主要讲述的是，一艘巨大的飞船出现在地球上空，外星人的出现一时间扩大到180万，且与人类发生了矛盾，这也让人类开始惶恐和不安。
故事一开始，便通过新闻报道的方式，交代了20年前,外星飞船降临南非约翰内斯堡的背景。蹊跷地是，这艘飞船只是悬浮在空中，没有任何动静。
时间过了很久，人类开始壮起胆子，打开了飞船舱门，而里面的场景，吓坏的人类，他们的长相非常的丑陋，宛如虾子，而且有一大群生着病，且营养不良的外星人。
人类于心不忍，决定组织救援队伍，将这些外星人全部收容救治，救治这些外星人是要付出代价的。
成千上百万的外星人，很快就撑满了收容所，加上这些外来生物可能会携带大量的病毒，人们开始将收容所，改成隔离区，而这个隔离区就被命名为“第九区”。
这些外星人，被当地人称为“大虾”，他们全身都有硬壳包裹着，活像是令人厌恶的昆虫。
但是由于这些外星人不懂人类的生存法则，经常抢夺他人财物，甚至引发血案，约翰内斯堡的居民再也受不了，他们要求政府，必须赶走这些大虾。政府不得不顾及民意，便将这一驱逐行动委托给“多国联合部队”MNU执行。
