在军事帐篷中，一个小男孩聚精会神地听着一个年轻人讲述盗墓笔记中的故事，他称那个年轻人为三叔。光怪陆离的故事，家族世代相传的盗墓笔记，这是吴三省留给吴邪的最后印象。
二十世纪八十年代，东南亚某国的西南边境坠毁撞入山中，撞出一个古代墓穴。两国联合考古队对撞出的古墓进行了勘探，但在清理主墓室时发生了意外，几名考古队员丧生，还有几人被困，生死未卜。吴三省作为领队亲自带领队伍进入墓室营救黑暗且狭长的通道，在手电筒的光线下，显得更加阴森和神秘。
随着队伍深入，电子设备失去了信号，奇怪的声音队员的失踪，此起彼伏的求救声在洞穴中回响。吴三省眼睁睁看着队员一个个消失，就像是被一股神秘儿强大的力量拉入黑暗。吴邪在帐篷中醒来，怀里紧紧抱着那本盗墓笔记，惊慌地在火光中奔跑，眼前是无尽的黑烟和随处可见的尸体，长发遮掩显得极为颓废的吴邪，再次从与三叔有关的噩梦中惊醒，他早已接受了三叔可能已经死亡的事实。
每当这时吴邪都会反复阅读那本盗墓笔记，吴家依靠着祖先作为盗墓贼的经验，逐渐演变成了优秀的考古学家。吴邪通过盗墓笔记再次开始了祖先的行当，因此结识了王胖子和张起灵。他们被称为铁三角。
自从金盆洗手后，王胖子和吴邪以古董店为生，而张起灵则隐居深林再未露面。不久前梧州发生了一次地震导致一个仓库出现了一个深不见底的洞穴。
随着一阵急促的敲门声，吴邪从院子里打开了门，王胖子深夜赶回来希望能说服他一起去墓穴调查。仨月没开张了，把水都给掐了，还有电闸早晚也得给拉了，还让不让人活。生活拮据的吴邪在现实的压力和高价的诱惑下，选择了妥协。
仓库里一个巨大深邃的洞口出现在他们面前，只有来回时间过长，盗洞才会需要水泥加固，这就说明它们的脚下很可能是一个大墓。不等考古队赶到，吴邪和王胖子已经被兴趣驱使，迫不及待地进入了洞穴。没走多久，他们就看到了一具具，悬挂在半空中的光影随着红绳上的铃铛发出的声音显得格外吓人。仔细看去，每个棺木上的浮雕都刻着乐师手中持有的乐器都不同。这些保存完好的吊葬古棺具有非常高的考古价值。
二人心中不禁激动起来，这些吊葬古棺都有棺椁可以滴落百年但不能落地，棺材下墓时会用碗接住露水。吴邪也是在盗墓笔记中看到了一些相关的记载，但官录究竟有什么作用没有人知道。突然一声尖锐而凄厉的叫声响起，仿佛来自地狱的恶鬼。吓得吴邪和王胖子抱在了一起。
回过神来他们才发现，这不过是因为他们的到来导致温度变化。棺木缝隙因空气流通产生的摩擦声，随着王胖子一脚踢去。尽管吴邪及时阻止还是有一些棺露震落在地上，瞬间冒起了层层绿雾。原来这些棺露与地面接触会发生化学反应产生毒气，仅仅几滴就能有这样的效果。
不难想象，如果有人鲁莽的打开棺木会是什么样的下场？吴邪和王胖子在起重机的帮助下成功地将其中一个棺木有惊无险地吊上了地面。然而因为工人好奇围过来触摸导致一滴棺露接触到地面毒气四散，手忙脚乱之中整个棺材砸碎在地。
无邪中毒气被送往医院抢救，却在无意中得知自己已经患上了肺癌晚期只剩下三个月的生命。此后一个月，吴邪如同行尸走肉萎靡不振，直到他久未使用的手机收到了一条署名三叔的短信才让他重新振作起来。
他根据吴三省教给他的破解方法成功解开了短信的密文。男人不怕生死只怕死而无憾。失踪多年的吴三省是吴邪心中的遗憾。如今这条突然出现的短信让他再次找到了人生的意义和圆满的机会。
第二天一早，吴邪剪去长发精神焕发，昔日的朝气和阳光再次回到了这个少年的身上。根据密文所示他费了一番周折，最终找到了吴三省将名下的一块土地无偿转让给他的生命。
