一些侦探和警方怀疑，玛德琳的母亲为了外出与朋友到度假村外吃饭，对女儿使用了镇静剂，因过量而导致死亡，而玛德琳的父亲则帮助隐瞒真相并掩藏尸体。
2008案件的最初负责人警官艾马拉尔曾写了一本《谎言的真相》， 在书中他直言，玛德琳早就死在了公寓里，并对格里夫妇提出诸多质疑。一度成为葡萄牙的畅销书，销量高达20万本，还被翻译成6种语言。
格里夫妇高声疾呼艾马拉尔造谣。最终经过长达1年的较量，格里夫妇最终占了上风，《谎言的真相》被暂停出售。2008年9月，此书正式下架。
然而，警方的怀疑并非空穴来风，警方一度在玛德琳的小玩偶上闻到了尸体的味道，但这个布偶在事情发生后，一直在格里夫妇的手里。
此外，猎犬又发现，格里夫妇购买的一台车里也有血迹，这台车是格里夫妇在女儿去世后买的。警方猜测，这是用来藏匿尸体。
但就在几乎证据就要指向夫妻俩的时候，经过比对，车内的DNA和玛德琳不能完全匹配，很可能这个血迹只是她双胞胎弟妹留下的。
夫妇表示，这其实是双胞胎在车里留的鼻血，最终，夫妻二人未被起诉。
但两夫妇为了证明自己的清白，表示不惜一切代价，无论如何也要找到孩子。
格里夫妇将外界赠与的捐款全部公开，表示，只要能找到女儿，一分钱都不要。
而更令案件扑朔迷离的是，格里夫妻雇佣了一位被认为是“邦德一般的私家侦探”进行调查，却在调查中离奇死亡。警方指出，“死者的死因属于无法解释的原因。”
紧接着，全球各地的不少人，都参与到了寻找玛德琳的行动中，
毕竟，事发地是个水陆交通发达的地方，有无数的游轮通过，如果玛德琳真被绑架，离境是极为可能的。
英国政府也投入了大量支持，
英国伦敦都会警队自2011年展开独立调查，而过去8年已耗费了近一亿的资金， 调阅过超过4万份文件，并曾调查600多名人士.....
