冈村宁次为了配合正面战场，特意制定了一份非常规的作战计划，叫做蝙蝠计划，它的具体内容就是派日军特工波田久雄潜入重庆，刺*国民党高级军官，以制造混乱，动摇军心。
重庆码头，一个风度翩翩，身着一身浅白西装，拎着一个大皮箱的年轻男子走下船舱向出口处走去。他远远看见国军正在对每个下船的人逐个检查，他犹豫了片刻，四下打量了一下，这时一个年轻的姑娘朝着来迎接她的人高声叫道“爹！”，引起了他的注意，他立刻有了主意，拎起箱子朝姑娘快速奔了过去，假装不小心故意用力碰落她手里提的箱子，姑娘嗔怒，回头一看是一个潇洒英俊的男子正慌忙向她道歉，顿时怨气全消，含情脉脉地望着他，男子似乎觉察到了姑娘的心思，他双目注视看着姑娘，把手向姑娘伸了过去，姑娘情不自禁地把手伸给他，由他把自己拉了起来。男人帮着姑娘拎起皮箱从容地来到姑娘的爸爸前，顺利地走出了检查关卡，原来姑娘的爸爸是国民党军事参谋部高参何东森。
这个蒙混过关的年轻人正是日本特工波田久雄，是波田支队的创始人波田重一的后人，从小就接受特工训练，生长在台湾，他的行踪诡秘。他不但继承了波田家骁勇善战的特点，更在德国受过训后就加入了日本特工部门。他的年龄、相貌对外都是个谜，无人知晓，在日军特工中也是顶尖的高手。冉华在介绍完波田久雄的基本情况后，王文渊再也坐不住了，他要立即返回重庆，冉华劝他不要着急，担心他身上的枪伤还没好。王文渊表示没事，冉华只得命令护士沈小西一同前往，以便照护他的伤情。何东森在家陪刚从美国回来的女儿吃饭，问起她在码头跟她在一起的那个男人是怎么回事，女儿回答他们只是泛泛之交，何先去表示不信，说你对他挺热乎的。女儿赶紧分辩说其实，我跟他就是码头刚刚认识的。“是在码头刚刚认识的？”这引起了何东森的警觉。这时他接到部里来的电话，通告日军启动蝙蝠计划的情报，各部门要加强警戒和安排相关的排查。他立刻指示手下，去支会军统那边去查清那个和女儿在一起姓田的年轻人。
王文渊和沈小西来到八路军驻重庆办事处报到，吴首长对王文渊前段工作非常满意，提请上级对他进行嘉奖。首长要求他尽快找到那个日军刺客，王文渊把自己的想法向首长汇报，他想来个守株待兔或者叫引蛇出洞，请首长批准他实施抓捕波田久雄的行动，首长还指示他同时要对接好国民党方面的配合人员。告诫他要完成这个任务，困难可比你想象的要更多，特别要注意自己的伤口还没痊愈，抓紧时间好好休息。
何东森来到国民政府军事委员会，询问程宏志副参谋总长去湘西督战一事，能否推迟几天再去，告诉他日军正在实施的蝙蝠计划，如果不出所料，日军的刺客已经到了重庆，程长官万一有个闪失的话，后果不堪设想，程长官不以为然。何东森下令军统孙处长，对程长官进行二十四小时的贴身护卫。何东森去军事委员会的行踪，被远处一直在监视的波田久雄发现，他决定有所行动了。王文渊和协助他的电讯专家赵婧，受首长之命前去军统孙谏处长那里，商量共同合作粉碎蝙蝠计划的具体事项。孙谏却摆出一副不屑的态度，不信任中共方面的诚意，但他表示如有需要一定会请贵方协助。
这天，波田久雄西装革履来到何东森的官邸门口，对门卫说找你们小姐，保姆张妈出来问：“您是？”“麻烦通融一下，就说田先生想见她，她知道的。”波田久雄满脸笑容地答道。张妈赶忙回到府内对小姐说外面有位田先生找您，小姐一听，高兴得差点跳了起来，她吩咐張妈把田先生带到客厅等候。自己立刻在卧室精心打扮起来。波田久雄趁机快速窜上二楼捅开何东森的书房门，在他书桌抽屉内，偷看了一份国民党高官程宏志即将去湘西的绝密文件。
这时何东森乘车返回官邸，波田久雄听到门外说话声，赶紧藏身书房门后。张妈告诉何先生有位姓田的客人来访，他急问张妈人在哪？張妈回答在客厅。何东森及手下人立即拔枪查看，并未见人影。“人呢？”“他刚才去洗手间了。”这时波田久雄淡定地从楼上走下来，何东森一个眼神，手下立即用枪指着波田久雄的脑袋并搜身。女儿从房间出来见田先生被用枪顶着头，惊讶地问是怎么回事，何东森喝令她不准插嘴。波田久雄慢慢地举起双手，经过简短问话后，何东森眼睛盯着他实然大声喝道：“波田久雄！”小姐着着急地问：“爹，你到底想干什么！”“他是日本特务！”何东森斩钉截铁地说。
何小姐走近波田久雄，“田先生，我相信你。”波田久雄趁机一个转身，打掉何东森手下人的手枪，快速用刀割喉，一把把何小姐拉到跟前作为人质，接着把何小姐猛地推到另一个警卫身上，迅速夺枪，枪*了何东森及警卫、何小姐和张妈，然后放火焚尸烧毁了整座官邸。王文渊从办事处首长得到何东森和女儿被*害的消息后，第一时间赶到医院探望现场唯一存活的目击证人张妈。孙谏告诉王文渊，这个张妈刚救出来的时候清醒过十几分钟，她说那个田先生是日本人，是他*了何先生和小姐，可以肯定的是，这个凶手就是波田久雄，后来因伤势过重张妈一直昏迷。孙谏要王文渊大力协助他挖出这只蝙蝠，王文渊表示会全力以赴。
由于证人被无良记者曝光，张妈很快被波田久雄灭口，待王文渊孙谏带人赶到医院时，波田久雄已逃脱，现在唯一见过波田久雄的证人已死。“刚刚有点线索又被掐断，又变成了大海捞针”孙谏无可奈何地说道。王文渊和孙谏经过分析，确认波田久雄已确认了刺*目标就是副参谋总长程宏志。王文渊提议用人假冒程长官做诱饵，引蛇出洞，孙谏也认为此计可行。经王文渊用实力击破程宏志的防护，程长官答应配合引蛇出洞的计划。孙谏派人故意透露程宏志的出行地点，张网以待，就等波田久雄上钩实施抓捕。
按计划，引诱波田久雄的车队出发了。孙谏对此还是不放心，王文渊告诉他不出三天，波田久雄肯定会在车队经过的路上动手。果不其然，波田久雄经过周密的观察，他埋伏在车队必经的街道楼顶，用长枪瞄准车队的驶来，对准假的程长官的轿车果断击发。车队停下，警卫立刻奋起还击，波田久雄朝警卫扔下一颗手雷，旋即从楼顶顺绳落下直扑目标，那个假冒者吓破了胆，从车内跳出拼命往外逃窜，被波田久雄一枪击毙，他趁乱边打边撤，眼见就要被围，他朝蜂拥而至便衣又扔出一颗手雷，爆炸声中他冲出包围，王文渊在后紧追不舍。波田久雄见状丢下外衣和面具，遁入街面的人群之中。
波田久雄躲进一家手饰店将店主*死，取下帽子佯装成店主注视着街面四处寻找他的便衣。这时一个女人进店发现地面有滩血从柜台地下流出，吓得她大声尖叫起来。王文渊经过该店时听到叫喊声，冲到店门口，波田久雄抓住女人挡在前面和王文渊对峙。这时孙谏的人马赶到，他见状下令手下人开枪，王文渊阻止无效，女人被乱枪击倒，波田久雄从后门逃走。王文渊见女人已无生命迹象，他从另一个方向赶去拦截住了波田久雄，两人展开激烈的打斗，王文渊因伤口崩裂被波田久雄击倒在地，危机时刻孙谏带人赶到，波田久雄跳水又一次逃脱。王文渊出血过多被紧急送往医院抢救，沈小西为他献血将他救醒。
孙谏下令张贴波田久雄画像，全城通缉，便衣在一家旅馆排查时发现波田，便衣们不敌波田久雄，死伤惨重，波田再次从特务们的枪口下逃走。孙谏深感自己不是波田的对手，只得去医院探望王文渊，希望他能理解自己漠然人质死活的做法，请王文渊不计前嫌继续与他合作抓捕波田，王文渊答应他一定会*了波田久雄。此时孙谏万万没想到自己被波田盯上了，就在他进医院看望王文渊离开时，孙谏命令带来的手下留在医院保护王文渊。而这时他的司机已被波田悄悄*死，他却浑然不知，上车后不久就被波田*死。波田驾驶孙谏的车直奔程长官办公处，直接刺*程长官。王文渊得知后，迅速驾车来到军事委员会解救下了程长官，波田逃跑时被警卫打伤。王文渊再次与波田交手，因伤口又一次崩裂送回了医院。
波田受伤后，他躲过警卫的追捕来到仁爱医院寻求疗伤，他在医院劫持一名姓林的主持医生，闯进沈小西住的治疗室，用刀胁迫他们为他治疗伤口，当林医生准备用手术刀刺*波田时，反被早已警觉的波田用刀捅死。这时王文渊也被送回仁爱医院，警卫们搀扶着王文渊来到治疗室，与波田劫持沈小西相遇。王文渊反应迅速，他掏出警卫的佩枪对准波田，波田把沈小西架在自己胸前，“文渊君，咱俩真是有缘，在这儿都能碰上。”波田真是意想不到，在医院又碰上这个刚硬的对手。
王文渊命令医生为波田处理伤口，答应放他走。待伤口包扎完后，波田用刀架着沈小西来到医院外，他让王文渊把车配好。王文渊提出用自己替换沈小西做波田的人质，波田冷笑地说可以，说他正缺一个司机。波田把沈小西带上车后座，让文渊开车带自己撤离。波田在车上得意地问王文渊：“你相信我会放了你们吗？”王文渊回答：“不相信。”，接着王文渊开始数落着波田久雄的简历：“波田久雄，日本特工中的顶尖高手。随波田家族久居台湾山地，一向行动诡异，即便在日军内部，对你们的了解也是凤毛麟角。直到波田支队出山，并为日军入侵屡立战功，这个神秘的家族才被关注。”
波田说：“看来你还知道的不少啊，还有呢？”王文渊答道：“还有就是波田久雄已经不复存在了！”说完他换档变速猛踩油门，车子突然飞速行驶，然后他又丢掉油门猛踩刹车，波田猝不及防，身子向前一倾，架在沈小西脖子上的刀也瞬间离开，说时迟那时快，王文渊的尖刀已刺进了波田久雄的咽喉，骄横一世的波田久雄一命呜呼，结束了他罪恶的一生。
