这些人越来越多，不加控制就会导致母体的崩溃，所有母体内的人类都会死亡。
机器制造的最初两个母体，一个是完美世界，一个是不太完美的世界，全部都失败了。
机器的领袖白发设计师，在另一个探测人类感情程序，也就是先知的建议下，采用了锡安的制度。
也就是，设计师会创建叫做救世主的升级程序，用来探测人类的感情，同时将感觉到母体不真实的人类释放出去。
这些人类进入叫做锡安的城市，以避免母体的崩溃。
这样维持大约三四十年以后，机器人就会进行母体的升级，让救世主程序回到源代码中，释放自己所有的代码，同时重新组织另一个锡安。
而旧有的那个锡安中的几十万人类，都会被机器军团*光，完成系统的重置。
这样一来，母体可以通过不断升级和不断清除异端者，继续维持下去。
之前已经连续升级了5次，也就是说这个母体，已经维持了差不多200年。
在第6次时，先知这个程序开始有了人类的感情。
她同情这些必将被*死的人类，不愿意他们重复悲惨的命运。
而先知具有检索母体，通过算法预测未来的能力。
她知道，第6个救世主尼奥，会和前面的5个不同。
在关键时候，前面5个救世主，选择的是释放代码重建锡安，以保证人类和机器都能生存下去。
而这一届救世主尼奥，因为同崔妮蒂的热恋，会选择救她而不去救全世界。
而本来尼奥只要回到源代码，他的程序就会重置。
尼奥的反面程序史密斯，也会被重置而摧毁，没有威胁。
但尼奥选择不会到源代码，那么史密斯也就没有被消灭，有一定的威胁。
史密斯会不断感染母体的程序，时间久了会将母体搞垮。
不过，最终尼奥会被消灭，因为锡安会被机器军团摧毁。
那么到时候，史密斯程序也会被清除。
然而，这就存在了一个时间差，大概24个小时。
先知就利用24个小时，牺牲自己，故意被史密斯感染。
