老实说这部电影本身有很大的问题，导演拉娜·沃卓斯基似乎并没有准备好，整部影片像是临时拼凑的草台班子唱戏，想到一出是一出；发行方居然非常自信地把档期放在圣诞节，试图跟大热门《蜘蛛侠3》扳手腕，结果当然可想而知。
更重要的是，原本《黑客帝国》系列标志性的动作戏完全消失不见，武术打斗像是公园里晨练大爷的太极推手。当然，以基努李维斯这个年纪还要求他像20多年前那样上蹿下跳确实有些强人所难，所以可能是出于降低动作戏难度的考虑，才为尼欧设计了突兀的能量护盾技能，看得人一脸尴尬。
尽管如此，毕竟还是黑客帝国系列的正统续作，剧情也的确有很多值得探讨的地方，所以笔者觉得还是有必要做一期解答部分粉丝的疑问。
剧透预警！
关于墨菲斯的代码
电影故事发生在三部曲完结的60年之后，真实世界里的墨菲斯已经死亡，所以电影中出现的年轻版墨菲斯实际上是托马斯·安德森在自己游戏里编写的一段代码。
这个所谓的游戏就是一个在当前“母体”之中模拟现实的二层“矩阵”（类似于《盗梦空间》里的二层梦境）。当“Bugs”发现了这个不断重复旧代码的下层矩阵之后（模拟当年崔尼蒂被“特工”追捕的桥段），意外在其中找到了隐藏在“史密斯特工”代码下的墨菲斯的“模态代码”，所以她赶在代码被托马斯·安德森的合伙人（上层“母体”中真正的史密斯特工）清除之前，将其解救出来。
当然，由于墨菲斯只是一段模态代码（用于模拟人类的性格和记忆），所以他只能存在于“母体”世界，在实体世界需要通过一种塑形粒子成像才能与人交流。
