《异形：契约》的故事承接《普罗米修斯》，10年后，新的人类殖民飞船契约号正前往目的地，在半路，飞船遭遇了电磁波。
处于休眠的船员被唤醒。事故中，船长被困于休眠仓，活活烧死。（船长由詹姆斯·弗兰克饰演，他也奉献了最短的客串角色，大概他是异形的死忠粉吧！）
群龙无首，能力不足的Oram成为了船长，他信心不足，抗压能力差，这为故事的走向埋下了伏笔。
整艘契约号，有上千位太空殖民者，还有数万颗地球物种胚胎。简直就是一个冷藏中的生物世界。一个没有解冻的万神殿！
正当船员修理契约号时，他们收到了外太空传来的神秘的信息，一首象征人类文明的民谣歌曲，这让新任船长Oram欣喜若狂。他决定改变行程，一探究竟。
故事鸿沟就此拉开。
一行人降落到神秘的星球。
这里有适合人类生存的自然环境，并且有人类文明的种植物小麦。
这些惊喜的发现，让船员们异常兴奋，说不定这就是他们要寻找的殖民地。
他们以为是新的天堂，其实不过是旧的坟墓。
原来，《普罗米修斯》中肖博士，最后驾驶着工程师的飞船来到了这个星球，而这个星球是人类造物主，工程师们生活的地方。
船员们正一步步走进地狱。
大卫早就在这里等着他们，他需要利用人类再次培育异形胚胎，他终于找到了让他成为造物主的机会。
要成为神，首先要弑*旧神。
大卫花费了十年时间研究异形胚胎的进化，最后一步就是纯粹的人类基因了，他需要人类的身体孵化出完美的“弑神”武器，异形。
大卫延烧英灵殿的烈火就是他创造出的新异形。
