可能是文件路径出现问题导致文件被保存到了其他位置或被覆盖了。
因为在arcgis中进行合并叠加操作时，需要指定输出路径和文件名，如果路径或文件名有误，就会导致文件保存到其他位置或被覆盖。
此外，也可能是操作过程中出现了错误，导致文件未能成功保存。
建议检查输出路径和文件名是否正确，同时在操作过程中注意保存文件，以免文件丢失。
如果文件已经丢失，可以尝试在电脑中搜索相关文件名或使用数据恢复软件进行恢复。
如果在 ArcGIS 中进行合并叠加操作后，文件不见了或者不知道它去了哪里，可以尝试以下解决步骤：
1. 检查图层列表：首先，请确认你是否正确地加载和显示了所有图层。在“目录”窗口的“图层”选项卡中，检查所有图层是否都处于打开状态，并且已正确加载到项目中。
2. 检查属性表：对于合并叠加操作，需要确保每个输入图层包含相同的字段名和数据类型。请检查属性表以确保所有字段已正确匹配，并且不存在任何缺失数据或空值等问题。
3. 检查输出位置：确定合并叠加操作的输出位置是否正确。可能需要指定输出文件的名称、路径或格式等信息。请检查输出位置和文件名以确保文件被正确保存。
4. 搜索文件：如果你仍然无法找到输出文件，请使用 Windows 搜索功能在计算机上搜索该文件。按 Windows 键 + F 打开搜索菜单，然后输入文件名或关键字以查找文件。确保在搜索范围内包括连接的驱动器或存储设备。
5. 恢复数据：如果你意外删除了输出文件或者其它相关文件，可以通过 Windows 回收站或者数据恢复软件来尝试恢复数据。请注意，数据恢复的成功率因文件类型和时间而异。
如果你仍然无法找到合并叠加后的文件，请检查 ArcGIS 日志文件以获取更多信息。在 ArcMap 中，可以在“Geoprocessing”菜单下打开“Results”窗口，查看相关操作的输出和日志信息。
