博斯腾湖水位变化趋势
进入90年代后，随着大湖杨水厂的启用，解放渠等自开都河引水渠道逐渐停用，开都河也进入丰水期，进入博斯腾湖的水量大增，湖水盐度开始下降，水位也不断升高。到2002年，博斯腾湖水位达到有实测记录以来1048.65m的最高水位，盐度也下降到1.17g/L。
焉耆盆地和博斯腾湖
但进入新世纪后，随着开都河丰水期的结束和工农业用水的剧增，博斯腾湖的水位和盐度开始反弹。到2012年，博斯腾湖水位降至1045.06m，盐度增加到1.3g/L。虽然近些年来，国家加大了生态环境保护的力度，博斯腾湖水体矿化的趋势得到遏制，但从湖泊类型上来看，仍然是微咸水湖。
尴尬的南四湖和兴凯湖从水域面积上来说，南四湖和兴凯湖都比巢湖大，并且不存在呼伦湖和博斯腾湖那样从淡水湖变成咸水湖的情况，但各有各的“难处”，导致他们没能跻身中国五大淡水湖之列。
首先来说南四湖。准确的说，南四湖并不是一个湖，而是微山湖、昭阳湖、独山湖和南阳湖四个相连湖的总称，又因为微山湖在四湖中面积最大，习惯上称南四湖为微山湖。
南四湖及湖区主要河流
微山湖、昭阳湖、独山湖和南阳湖四湖都是明清时期，因京杭大运河疏浚工程而先后形成的湖泊，虽然无明显界限，但因为四湖形成的时间和时代背景不同，所以在一般情况下，南四湖只能算作湖泊群的概念，而四湖中最大的微山湖，其水域面积为666km²，并没有超过巢湖的769km²。
盛夏时的微山湖
而位于东北中俄边境的兴凯湖，其水域面积高达4380km²，比鄱阳湖还要大，但因为历史原因，兴凯湖只有三分之一（1230km²）在中国。一个并不完全属于中国的湖泊，自然也就没有算在五大淡水湖之内。
