呼伦湖的湖水通过北岸出水口流出，与海拉尔河交汇前这段叫新开河，新开河是调节湖水的吞吐性河流。当呼伦湖水位高于海拉尔河水位时，湖水才会外流，进入额尔古纳河；低于海拉尔河水位时，海拉尔河水会注入呼伦湖。
呼伦湖的面积比洪泽湖（2069 平方公里）还大，更是巢湖的近3倍，为什么没有能列入我国传统的五大淡水湖呢？原因很简单，因为呼伦湖并非一个纯粹的淡水湖，而是在淡水湖——咸水湖——淡水湖之间不断地进行着周期性的变化。
按照淡水湖和咸水湖的划分标准，淡水湖湖水含盐度应该小于1g/L，但是呼伦湖的湖水盐度却不固定。如1962年，呼伦湖湖水含盐度约为0.78g/L，是淡水湖；但到了2003年，湖水含盐度约为1.47g/L，成了咸水湖。
为什么会出现这样的变化呢？呼伦湖一带属于内陆中高纬度温带半干旱气候区，从太平洋过来的东南季风带来的暖湿气流受阴山、燕山、大兴安岭等山脉的阻挡，到达呼伦贝尔草原时已所剩无几。大兴安岭以西的呼伦湖流域基本上处于400毫米年降水量线以外，降水少，蒸发量大。
